تاریخچۀ روابط دو جانبه افغانستان و پاکستان از زمان تآسیس پاکستان تا کنون همواره با تنش و اختلاف مواجه بوده است . افغانستان به دلیل ادعای ارضی بر مناطق خط فرضی دیورند پس از استقلال پاکستان در ۱۹۴۷ برعضویت این کشور در سازمان ملل مخالفت کرد.
افزون بر این، تلاش افغانستان برای ادغام خط فرضی دیورند و نپذیرفتن نتیجه همه پرسی ۱۹۴۷ در پاکستان مبنی بر این که بر قوم پشتون در ایالت خیبر پشتونخواه حق انتخاب داده نشده است. اما؛ این مسئله پاکستان را در مورد مرز با افغانستان نگران کرد و عملا روی برنامه‌های تخریب کارانه اقدام نمود ولی افغانستان از طریق فشارهای دیپلماتیک، مداخله بر قبایل و حمایت عناصر امتیازطلب بر مشکل آفرینی در مسیر خط مرزی با پاکستان ادامه داد که روابط دو دولت در نزدیک به پنچ دهه همیشه دچار تنش بوده است.
رژیم ضیاءالحق و جنگ افغانستان با شوروی و نتایج حاصل از جنگ (۱۹۷۹-۱۹۸۹) در افغانستان برای پاکستان فرصت مقابله با طرح پشتونستان خواهی، جلوگیری از نفوذ هندوستان و شوروی را مساعد کرد تا یک دولت مورد نظر پاکستان در افغانستان روی کار آید.
هرچند جنگ افغان‌ها با شوروی جهاد علیه کفر دانسته می‌شد ولی اغلب تحلیلگران سیاسی حمایت دولت پاکستان از گروه‌های جهادی را مبنای سیاسی و استراتژیک می‌داند و ضیاءالحق با استفاده از شعار دین در خطر است فقط به منظور جذب افراد و کمک‌های بیش تر و همچنان توجیه و مشروعیت جنگ بود و پاکستان عملا گروه‌های هفت گانه جهادی اسلام گرا را کمک و تمویل می‌کرد تا برای مقابله با نظامیان شوروی سابق پرداخته و مقاومت جدی را انجام دهد.
سال ۱۹۹۰ رژیم بی نظیرباتو و نواز شریف شاهد سقوط حکومت داکترنجیب بود، که پیامد آن جنگ داخلی و شکل گیری تحریک طالبان را به همراه داشت .
در این دوره افغانستان به مرکز و هسته‌ی جنگ جویان مسلح القاعده، گروه‌های مسلح آسیای میانه و گروه‌های تروریستی پاکستان مبدل شد.
در این دهه چهار انتخابات در پاکستان گذشت که در نتیجه حزب مسلم لیگ هر کدام به نوبت دوبار، اما نه به صورت مکمل حاکمیت کردند و تقریبا سیاست پاکستان در قبال افغانستان کم و بیش همانند دوره جنگ افغان‌ها – شوروی ادامه یافت با این تفاوت که میزان کمک‌ها و تاثیرگذاری بر شرکای قدرت در افغانستان کاهش یافت  گروه‌های جهادی پاکستانی نیز از رهبری ملا عمر حمایت کردند و عملا در این گروه می‌پیوست.
همچنان رهبر القاعده اسامه بن دلان به منظور تقویت طالبان شبکه حقانی را به مراکز تربیتی اش آموزش کوتاه مدت می‌داد.
حمایت پاکستان از طالبان این کشور را درعرصه سیاسی به انزوا کشاند، چون هیچ یک از کشورهای منطقه نه از طالبان و نه از حکومت پاکستان که آن‌ها را حمایت می‌کرد، تصویر خوب در ذهن داشتند . پاکستان، عربستان و امارات متحده عربی تنها سه کشور بودند که حکومت طالبان را به رسمیت شناختند.
پرویز مشرف و سیاست پاکستان پس از یازده سپتامبر در افغانستان نیز با تلاش ظاهری که خواست پاکستان از انزوای سیاسی نجات دهد با امریکا علیه تروریسم یکجا شد تا از نزدیک سناریوی رقابت با هندوستان را تعقیب کند و همچنان برای رژیم خویش مشروعیت سیاسی و امکانات مالی به دست آورد.
اساسی ترین عامل پیوستن دولت مشرف در جنگ امریکا علیه تروریسم ترس آن از ائتلاف هند- امریکا و جبهه شمال بود که دوستی دیرینه جبهه شمال را با هندوستان مستحکم تر می‌کرد. دوم این که هندوستان می‌توانست از طریق جامعه جهانی فشارهای سنگینی در موضوع کشمیر و حمایت پاکستان از گروه‌های مسلح پاکستانی در آن منطقه اعمال کند.
رژیم دموکراتیک پس از قدرت گرفتن در ۲۰۰۸ و ایجاد حکومت ائتلافی امکانات لازم برای راه اندازی عملیات نظامی و ضد تروریستی در مناطق خیبر پشتونخواه و اداره فدرال قبایلی مساعد کرد. حکومت فدرال و حزب ملی عوام پاکستان تلاش کرد تا مالکیت جنگ علیه تروریسم را به دست گرفته و اجماع مردمی را علیه تروریسم شکل دهد، عملیات سواد در ۲۰۰۹ از جمله عملیات‌های بود که دولت، مردم، احزاب سیاسی و رسانه‌های پاکستان از آن حمایت کردند و پاکستان با تفاهم امریکا علیه طالبان نیز نقش اساسی ایفا کرد و به رغم فشارهای بین المللی مبنی بر سرکوب طالبان افغان توسط پاکستان، آن کشور برمبنای سیاست داخلی خویش سکوت اختیار کرد و در مقابل، فعالیت‌های سیاسی، اقتصادی و نظامی هندوستان در افغانستان را مشکوک خواند . امضای سند همکاری‌های استراتژیک افغانستان- هندوستان در ۲۰۱۱ باعث شد تا پاکستان خویش را در مسائل افغانستان در انزوا احساس کند.
آنچه که بارها دولت افغانستان در مخالفت با دولت پاکستان قرار می‌گیرد نوعیت حکومت‌های بر سر اقتدار در پاکستان، چرخش قدرت از ملکی‌‌ها به نظامیان و کشاکش‌های پیوسته در تارنمایی قدرت و سیاست این کشور و تحولات سیاسی- امنیتی چهار دهه‌ی پسین افغانستان، مانع ایجاد یک نقطه‌ی عطف در روابط دو کشور همسایه شد. در صورت که دولت افغانستان مناسبات خوب با حکومت‌های ملکی پاکستان داشته، اما دستگاه نظامی و استخباراتی این کشور، نقش محوری در تعیین سیاست‌های داخلی و خارجی این کشور دارد. پس دیده شود که دولت عمران خان در قبال سیاست خارجی خود با افغانستان چگونه بازی می‌کند. آیا توافق نهایی روی محورهای همکاری مطابق به پلان عمل مشترک و اجرای تعهدات در روابط دو کشور همسایه رقم خواهد خورد ؟
دولت فعلی پاکستان با سیاست گنگ در تلاش است تا منافع سیاسی و اقتصادی خود را با استفاده از کشور افغانستان تامین کند. دولت عمران خان در سطح بین المللی مخصوصا افغانستان سه هدف کلی را دنبال خواهد . تعامل، وابستگی دو کشور همسایه به یک دیگر بارها سران دولت را رو در رو هم برای برقراری روابط سالم ومنفعت برد -برد قرار داده است، حامد کرزی بیست بار به پاکستان سفر کرد تا دیدگاه‌ها، پیشنهادات و نگرانی‌های پاکستان را مبنی بر بهبود روابط بشنود ولی همیشه این دید و بازدید‌ها نتیجه آنچنانی نداشته و روی مسایل سیاسی و اقتصادی وضعیت به وخامت گراییده شد.
1.منفعت اقتصادی
دولت پاکستان با درک موقعیتی جغرافیای افغانستان در تلاش است تا راه خود با آسیای مرکزی و فروش محصولات مورد نیاز به افغانستان را باز کند و پول هنگفت را برای خودش کمایی کند همچنان انتقال پایپ لاین گاز ترکمنستان و انتقال پروژه برق ولتاج بلند کاسا یک ۱۰۰۰ بین کشورهای قرغیزستان، تاجکستان، افغانستان و پاکستان از جمله پروژه‌های اقتصادی بودند که پاکستان در تلاش دست یابی به آن است.
ایجاد و تقویت روابط تجارتی یکی از اولویت‌های که به منفعت حکومت پاکستان باشد اقدام خواهد کرد حتی دولت عمران خان در توسعه اقتصادی با استفاده از افغانستان با چین هست تا به استراتژی و دورنمایی که برنامه ریزی کرده است/ برسد.
2.منفعت سیاسی
پاکستان با گذاشتن چند قدم در تقویت روابط دوستانه با افغانستان می‌خواهد منفعت و مشروعیت سیاسی کسب کند تا با کشورهای منطقه‌ی و بین المللی دست باز تری داشته باشد و ذهنیت کشورهای منطقه‌ی در قبال پاکستان منفی نباشد و دست به افزایش قدرت نظامی و تسلیحاتی بزند تا در مقابل هندوستان دشمنان دیرنه اش کم نیامده و توانی دفاع را داشته باشد. همچنان بتواند نقش هندوستان در افغانستان کم‌ رنگ شده و حتی در اعمال نفوذ در کشورهای آسیای میانه دست بالا داشته باشد.
3.منفعت از گروه طالبان
دولت پاکستان با حمایت دوامدار از طالبان و پناه دادن به گروه‌های تروریستی باعث ایجاد دهشت و کشتار هزاران انسان افغانستانی شده است، تا هم منفعت سیاسی باشد و هم حضور ستیماتیک گروه طالبان در چوکات نظام افغانستان بعد از توافق تضمین شود و در صورت نیاز از این گروه به نفع خودش استفاده کند. سفر اخیر عمران خان به کابل و جلسه پشت درهای بسته نمایانگر یک توافق پنهانی ست که پاکستان خواهان آن است تا در صورت پذیرش حکومت افغانستان طالبان را روی میزی مذاکره آورده و توافق بین افغان‌ها را سرعت دهد.
اما؛ دولت فعلی افغانستان نیز تمام مسایل که منفعت درعرصه سیاسی و اقتصادی با پاکستان دارد جز برنامه‌ها و مشورت‌های راهبردی خویش قرار داده و روی این موضوع در ابعاد مختلف تجزیه و تحلیل نموده تا گزینه که منافع مردم افغانستان را تامین کند اقدام نماید.