«آمودریا» از سلسله جبال پامیر سرچشمه گرفته و حدود ۱۱۲۶ کیلومتر از آن در قسمت مرزهای شمالی افغانستان با تاجیکستان، ازبکستان و ترکمنستان و از مجاورت ولایت‌های بدخشان، تخار، کندوز، بلخ، جوزجان، فاریاب، بادغیس و هرات جریان دارد که از پرآب‌ترین رودخانه‌های آسياي ميانه محسوب می‌شود. بطوریکه قسمت‌هایی از آن نیز قابل کشتیرانی بوده و از طریق سواحل بنادر «شیرخان» و«حیرتان» بسیاری از کالاهای صادراتی یا وارداتی افغانستان به کشورهای آسیای میانه مبادله می‌شود. این رودخانه بعنوان یک رودخانه بین المللی، مرز طبیعی مشترک میان افغانستان با چهار همسایه  شمالی قلمداد شده و حدفاصل قلمرو سرزمینی میان افغانستان و این کشورها محسوب می‌شود. با این وجود دیده می‌شود که در شرایط فعلی، این نعمت الهی زمینه ساز خلق بحران جدید در آینده ای نزدیک برای افغانستان باشد. همانگونه که «خط دیورند» در جنوب افغانستان کشور را به بی ثباتی کشانیده است، «آمودریا» نیز شمال افغانستان را به سمت چالش و بحران دیگر هدایت خواهد کرد.
الف) طغیان آمودریا و تخریبات
متأسفانه همه ساله به دلیل بارش برف‌های سنگین در فصل زمستان و باران‌های شدید موسمی‌در فصل بهار، آب این رودخانه طغیان نموده و سبب  انحراف از مسیر اصلی(بستر) خود به داخل قلمرو سرزمینی افغانستان شده است. این تغییر مسیر مشکل عمده ای را برای باشندگان در ولسوالی‌های سرحدی افغانستان بوجود آورده است. طغیان آب هرسال سبب تخریب زمین‌های زراعتی، مالچرها، منازل مسکونی، مساجد، مکاتب، کلینیک‌ها، راههای مواصلاتی، جنگل‌ها و علفزار‌های افغانستان در ولایت‌های همجوارش شده است. بطور مثال در اثر طغیان آب در ولسوالی «راغستان» بیش از 70 فیصد جنگل‌های «باوگه باوند» و هزاران هکتار از زمین‌های مردم در ولسوالی «شغنان» ولایت بدخشان و ولسوالی «دشت قلعه» ولایت تخار تخریب یا کاملاً به زیر آب رفته است. دامنه تخریبات به حدی شدید بوده است که قریب به 70 فیصد از قریه جات ولسوالی‌های «قرقین» و «خم آب» ولایت جوزجان نیز نابود شده است. بطور کلی تمامی‌ولایات سرحدی از این تخریبات در امان نبوده و بطور خاص ولسوالی‌هایی چون «خواجه بهاءالدین، درقد، خواجه غار، ینگی قلعه، امام صاحب، کشک رباط سنگی، قلعه ذال، کلدار، شورتپه، قرقین، خم آب، مرغاب، شغنان، راغستان، چاه آب، اندخوی، دولت آباد» به شدت در معرض آسیب بوده اند.
ب) طغیان آمودریا و تغییرات ارضی و مرزی
تغییر مسیر آمو دریا سبب تغییر مرز بین المللی افغانستان با کشورهای همجوارش نیز می‌شود. از آنجایی تعیین کننده مرز بین المللی افغانستان با همسایگان شمالی برمبنای یک عامل طبیعی که همان آمودریا می‌باشد تعیین شده است، لذا مطابق قواعد حقوق بین الملل در مورد تعیین مرزها، عامل تعیین کننده سرحد و نقطه صفر مرزی نیز بستر همین رودخانه خواهد بود. حقوق بین الملل برای تعیین مرز میان کشورهایی که رودخانه‌های بین المللی بعنوان حدفاصل قلمرو آنها محسوب می‌شود از دو قاعده کلی استفاده می‌کند. قاعده اول «خط منصف» می‌باشد. خط منصف خطی است که رودخانه را میان دو کشور به دو بخش مساوی تقسیم می‌کند. این خط بعنوان مرز مشترک و بین المللی میان دو کشور به حساب می‌آید. این قاعده برای رودخانه‌هایی کاربرد دارد که از عمق زیادی برخوردار نبوده و قابلیت کشتی رانی را در خود ندارند. آمودریا در اغلب مسیر خود از این ویژگی برخوردار است. لذا با تغییر بستر رودخانه متأسفانه خط منصف نیز به عنوان نقطه صفر مرزی به ضرر افغانستان تغییر کرده است. قاعده دوم «خط تالوگ» یا «خط القعر» می‌باشد. مطابق این قاعده در رودخانه‌هایی که عمیق بوده و امکان کشتی رانی در آن وجود دارد، عمیق ترین نقاط رودخانه را مشخص کرده و بصورت خطی فرضی آنها را به یکدیگر وصل می‌نمایند و تا مرز مشترک بین المللی با قابلیت کشتی رانی برای هر دو طرف تعیین گردد. این مناطق در مسیر رودخانه آمودریا زیاد به چشم نمی‌خورد. بطور مثال آمودریا در بخشی از سرحدات افغانستان با ازبکستان و بنادر تجاری از این ویژگی برخوردار می‌باشد.
با کمال تأسف همه ساله به دلیل طغیان آب آمودریا، بستر آن نیز به طرف داخل قلمرو افغانستان تغییر مسیر داده و قاعدتاً مرز بین المللی نیز با تغییر مسیر رودخانه تغییر می‌کند. در نتیجه در طول این سالها هزاران هکتار از قلمرو سرزمینی افغانستان به کشورهای همسایه ضمیمه گردیده و مالکیت مردم و حاکمیت حکومت بر آنها از دست رفته است. بطوریکه با رجوع مردم به این زمین‌ها، از سوی نیروهای مرزبان کشورهای همسایه به شدت با آنها برخورد صورت گرفته و سبب درگیری و نزاع شده است. تغییر مسیر رودخانه سبب شده است که در بسیاری نقاط، علائم نقطه صفر مرزی تخریب یا به زیر آب رفته یا حتی به پشت ساحل آمودریا و در خاک کشور‌های همسایه منتقل شود. 
میزان تغییرات بستر رودخانه در مسیر عبوری خود متفاوت است. در برخی ولسوالی‌های کوهستانی مانند ولسوالی خواهان که زمینه تغییر مسیر برای آمودریا وجود ندارد مرز بین المللی نیز بدون تغییر مانده است. اما در سایر مناطق هموار، بستر رودخانه انحراف زیادی نسبت به نقاط صفر مرزی تعیین شده پیدا نموده است. بطوریکه بستر آمودریا در برخی مناطق به بیش از 8 تا 12 کیلومتر نیز به داخل قلمرو دولت افغانستان تغییر مسیر داده است. حال اگر این مقدار تغییر مسیر را با توجه به طول مسیر رودخانه در نظر بگیریم، رقم قابل ملاحظه ای را به دست می‌دهد که از خاک افغانستان به قلمرو دولت‌های همسایه ضمیمه شده است.
علت‌های اساسی تغییر مسیر رودخانه آمودریا به عوامل متعددی باز میگردد. یکی از این عوامل وضعیت جغرافیایی افغانستان نسبت به سرزمین کشورهای همسایه است. کشورهای شمالی افغانستان کوهستانی ولی سرزمین‌های سرحدی افغانستان هموار است. همچنین سطح ارتفاع زمین‌های کشورهای همسایه نسبت به مناطق سرحدی ما بالاتر بوده و شیب زمین به طرف قلمرو سرزمینی افغانستان متمایل شده است. از طرفی دیگر مقاومت خاک در سرزمین‌های کشورهای همسایه به دلیل کوهستانی بودن بالاتر از سطح مقاومت خاک نسبت به مناطق هموار در داخل خاک افغانستان می‌باشد. متأسفانه با قطع درختان جنگلی توسط بومیان داخلی یا تخریب آنها توسط طغیان آب، سستی خاک نیز افزایش یافته است که قدرت فرسایش آب را در این زمین‌ها بسیار بالا برده است.  در بسیاری از ولسوالی‌ها، مردم محل برای آبیاری زمین‌های زراعتی خود اقدام به حفر نهرهای فرعی در مسیر آمودریا نموده اند که همین عامل قدرت انحراف مسیر آمودریا را در زمان طغیان آب بیشتر می‌سازد. در برخی مناطق مانند مرز ازبکستان حتی ترد کشتی‌های سنگین این کشورها نیز عاملی بر تشدید تغییر بستر آمودریا شده است. بدتر از همه اینکه کشورهای همسایه شمالی افغانستان بصورت یکجانبه در سرزمین‌های هموار خود اقدام به تأسیس استحکامات ساحلی و مرزی یکجانبه نموده که در زمان طغیان آمودریا، فشار و جهت آب را به سمت قلمرو افغانستان هدایت می‌کند.
ج) آمودریا و چالش نا امنی
افغانستان از طریق آمودریا قریب به 1200 کیلومتر با همسایگان شمالی خود دارای مرز آبی مشترک است. قاعدتاً با توجه به شرایط فعلی افغانستان کنترل مرزهای آبی بسیار دشوارتر نسبت به مرزهای خشکی می‌باشد. بخصوص در مورد آمودریا که با طول و گستره وسیعی در سرحدات افغانستان در حال جریان است. از طرفی کمبود پایگاه‌های سرحدی، وجود راههای غیر مجاز متعدد برای تردد غیر قانونی، عدم امکان کنترل مؤثر نیروهای دولتی بر گستره سرحدی-آبی آمودریا زمینه ساز ایجاد تحرکات نظامی‌مخل امنیت چون گروه‌های مسلح غیر مسئول، قاچاقچیان، نیروهای افراط گرا مانند طالبان، القاعده و مخصوصاً داعش در سرحدات شمالی و در مجاورت آمودریا شده است. بطوریکه منابع امنیتی دولت روسیه از جابجایی 5000 نیروی داعشی از طریق همسایگان شمالی افغانستان خبر داده است.
از طرف دیگر طغیان آب سبب شده است که در بسیاری مناطق، نقطه صفر مرزی محو یا تخریب یا پشت ساحل کشورهای همسایه قرار گیرد. همین عامل سبب ایجاد اختلافات ارضی و مرزی در آینده میان کشورها نیز خواهد شد. همچنین انضمام زمین‌های مردم بومی‌محل به قلمرو کشورهای همسایه در اثر تغییر مسیر آمودریا یکی از عوامل درگیری و تنش میان مردم محل با نیروهای نظامی‌کشورهای همسایه بوده است.
لذا با توجه به چالش‌های فوق الذکر، سطح تهدیدات در سرحدات شمالی کشور که در مجاورت آمودریا واقع گردیده اند بسیار بالاست. فلذا لازم است تا حکومت مرکزی اقدام جدی در ساخت استحکامات کنار دریا، تثبیت مجدد نقاط صفر مرزی، احیای مجدد علائم سرحدی، احداث پایگاه‌های نظامی‌و دفاعی برای تثبیت امنیت سرحدات شمال کشور و همچنین عقد قراردادهای امنیتی دسته جمعی در توافق مشترک با کشورهای همسایه شمالی را روی دست گیرد. در غیر اینصورت افغانستان در آینده ای نزدیک با بحران غیر قابل کنترلی مواجه خواهد شد.