در پیامی که منتسب به رهبری القاعده دانسته می‌شود، ادعاشده است که سازمان تروریستی القاعده سیادت رهبری طالبان را می‌پذیرد و به لحاظ شرعی خود را موظف می‌داند که از ملا هیبت الله پیروی نماید. بنیان‌گذار سازمان القاعده (اسامه بن‌لادن) زمانی گروه خود را بنا نهاد که طالبان به لحاظ اسمی وجود نداشت؛ اما ظرفیت فرهنگی و اجتماعی حضور این گروه تروریستی در مناطق مرزی افغانستان وجود داشت. میان رهبری سازمان القاعده و گروه طالبان در دهه نود میلادی رابطه بسیار صمیمانه بود و حتی رابطه خویشاوندی میان ملا عمر و اسامه بن‌لادن برقرارشده بود. بعد از سرنگونی رژیم طالبان و متواری شدن رهبران القاعده از افغانستان باعث گردید که جهادگرایان عرب در قالب شاخه‌های محلی القاعده در عراق و جنوب شبه‌جزیره عربستان به فعالیت بپردازند. از سال 2004 که خشونت‌ها در عراق روبه فزونی نهاد، پیوند میان القاعده مستقر در پاکستان و گروه طالبان در افغانستان دارای فرازوفرودهای زیادی بوده است و بیشتر جنبه ایدئولوژیکی و سیاسی صرف داشته است. از سال 2011 به بعد که در بخش‌های جهان عرب، ناآرامی‌های سیاسی و اجتماعی رونما گردید، سازمان القاعده رو به تضعیف نهاد و کشته شدن رهبر القاعده شتاب این روند را بیشتر نمود. ظهور گروه‌های تروریستی جدید در خاورمیانه مانند داعش و النصره باعث گردید که بسیاری از پژوهشگران باورمند به این شوند که تاریخ‌مصرف القاعده سپری‌شده است و دیگر توان سربازگیری و جذب جوانان اسلام‌گرایان را ندارد و داعش مدت طولانی نقش محوری را بازی خواهد نمود و با توجه به میزان خشونت و قساوتی که به کار می‌برد می‌تواند در درازمدت این گروه را به لحاظ تأمین مالی و نیروی انسانی بیمه نماید. ورود روسیه و حامیان منطقه‌ای بشار اسد در سوریه، باعث تغییر اوضاع در جنگ داخلی آن کشور گردید و درنتیجه داعش به‌شدت تضعیف شد و خلافت خود خوانده آن‌ها تقریباً برچیده شد.
اکنون‌که داعش روبه شکست نهاده است و در افغانستان میان طالبان و دولت آمریکا مذاکرات جریان دارد تا به نبردهای چند دهه افغانستان نقطه پایان گذاشته شود، بیعت رهبر فعلی القاعده با طالبان و فراخوانی اطاعت از ملا هیبت الله توسط ایمن الظواهری چه پیامدهایی برای فعالیت‌های القاعده در افغانستان خواهد داشت؟
ازآنجایی که طالبان میزان خشونت‌ها را در افغانستان شدت بخشیده است و آمریکا طالبان را به‌صورت تدریجی از لیست سیاه خارج می‌نماید، ایمن الظواهری به تحرکات جدید دست‌زده است و تلاش می‌نماید که آینده فعالیت‌های این گروه را در جنوب آسیا به نحوی برنامه‌ریزی نماید و از حمایت طالبان در راستای تداوم فعالیت‌های تروریستی القاعده در افغانستان اطمینان حاصل نماید. هرچند که طالبان در مذاکرات صلح با دولت آمریکا به‌صورت ضمنی تعهد نموده است که با گروه‌های تروریستی ارتباط خود را قطع می‌نماید؛ اما بیعت ایمن الظواهری با رهبری طالبان و اطاعت اعضای القاعده از گروه تروریستی طالبان حاوی چند موضوع اساسی پنداشته می‌شود؛
1- گروه طالبان هنوز ماهیت تروریستی دارد: ازآنجایی‌که القاعده توسط اکثریت مطلق کشورها و سازمان‌های بین‌المللی به حیث یک گروه تروریستی تلقی می‌شود، پیروی این گروه از یک گروه دیگری که در تلاش برای کسب قدرت سیاسی و برقراری اسلام تندرو در افغانستان است، به معنای تروریستی بودن هر دو گروه است زیرا القاعده که خود فعالیت‌های تروریستی دارد چگونه می‌تواند از یک گروه غیر تروریستی و پابند به ارزش‌های دموکراتیک پیروی نماید؟
2- طالبان نمی‌توانند متعهد به هنجارهای بین‌المللی باشند: وقتی یک گروه ماهیت نظام بین‌الملل را بر اساس جهان‌بینی حلال و حرام (مشروع و غیر مشروع) طبقه‌بندی نماید به هنجارها و ارزش‌های جامعه بین‌المللی نیز همین نوع نگاه  دارد. طالبان باورمند به دارالکفر و دارالایمان هستند و تمامی مسلمانان مخصوصاً بنیادگرایان برادر دینی آن‌ها محسوب می‌شوند و مرزهای دولتی نمی‌تواند مانع از همکاری میان آن‌ها شود. طالبان هرچند که به‌ طرف‌های بین‌المللی تعهد می‌سپارند که از خاک افغانستان علیه کشورهای دیگر استفاده نخواهد شد اما اعتقادات اکثریت قاطع نیروی طالبان مانع از انجام تعهدات بین‌المللی این گروه و تداوم همکاری فعالیت‌های گروه‌های تروریستی مانندِ القاعده می‌شود.
3- القاعده در سال‌های سکوت خود را بازسازی نموده است: بهار عربی، کشته شدن اسامه بن‌لادن، خشونت‌ورزی‌های داعش و تغییر رویکرد آمریکا و متحدان آن در مبارزه با تروریسم باعث شده بود که القاعده به نحوی از محراق توجهات دور شود و این موضوع زمینه‌ساز تجدیدنظر در فعالیت‌ها و تغییر در رهبری این گروه شد که احتمالی‌ترین چهره در رهبری این سازمان حمزه بن‌لادن پسر اسامه بن‌لادن خواهد بود. القاعده بر آن است که بتواند جایگاه ازدست‌رفته خود را در جهان اسلام مخصوصاً جنوب آسیا و خاورمیانه دوباره به دست بیاورد و خلأ که با از بین رفتن داعش در حال شکل‌گیری است را پر نماید.
4- مبارزه با تروریسم هنوز در افغانستان پایان نیافته است: در سال‌های مبارزه با تروریسم از سال 2001 الی 2014 فرازوفرودهای زیاد در مبارزه با تروریسم و تعریف آن رونما گردید چنان‌که بعد از حادثه یازدهم سپتامبر در 2001 بوش خطاب به کنگره گفته بود؛ جهان یا با ما است یا با تروریست‌ها. از دید بوش و نو محافظه‌کاران، طالبان ازآنجایی‌که اسامه را به آمریکا تحویل ندادند در زمره تروریست‌ها قلم داد می‌شدند و باید این گروه نابود می شد. در زمان ریاست جمهوری اوباما، طالبان به‌سان گذشته تروریست محسوب نمی‌شدند بلکه بیشتر در قالب شورشیان با آن‌ها برخورد می‌شد. ترامپ با نگاه تجاری به مبارزه با تروریسم، نه‌تنها طالبان را برای امنیت بین‌الملل یک خطر محسوب نمی‌کند بلکه در تلاش برای مصالحه با این گروه است. با توجه به وضعیت موجود، افغانستان در یک وضعیت شکننده قرار دارد و احتمال قوی وجود دارد که تروریسم بین‌المللی در همکاری به تروریست‌های داخلی بار دیگر از افغانستان به حیث پناهگاه و آموزشگاه استفاده نمایند بار دیگر مثل اوایل دهه 2000 امنیت بین‌الملل را با خطر روبرو نمایند.
5- نباید عصبیت‌های قومی باعث حمایت از تروریسم شود: تروریسم با توجه به اهداف و ابزارهای کاربردی خود نمی‌تواند به‌عنوان الگو و نماد قابل دفاع برای شهروندان یک کشور باشد. هرچند که گاهی اوقات تروریست‌ها با سردادن شعارهای جذاب باعث دلگرمی افراد غیرنظامی می‌شود اما حمایت از تروریسم در حقیقت پرورش مار در درون آستین است که هر آن احتمال آسیب رسیدن به حامیان تروریسم وجود دارد. تجربه هفده‌ساله افغانستان نشان داده است که هزاران کودک افغان از آموزش‌وپرورش محروم شدند و هزار زن و مرد دیگر جان‌های خود در اثر فعالیت‌های تروریستی از دست دادند. شاید برخی اوقات طالبان مدعی برقراری عدالت و بازگرداندن هژمونی قومی در افغانستان شوند اما باید ملتفت بود که این گروه به‌سان شعله‌های آتشی است که همه را یکسان به خاکستر تبدیل می‌نماید و هیچ‌کسی از آن سود نخواهد برد زیرا هنوز به القاعده که موجب درد و رنج عظیم بر افغانستان شده است رابطه نزدیک دارد.