استفاده از منطقی‌ترین روش‌های تصمیم‌گیری و انتخاب مطلوبترین گزینه‌ها و راه حل‌ها بر اساس معیارهای مالی و اقتصادی، از مهمترین وظایف مدیران، مهندسان و کارشناسان می‌باشد. متغیرهای اقتصادی نظیر نرخ تورم، نرخ بهره، نرخ‌های مالیات، نرخ بیکاری، نرخ رکود، نرخ‌های قابل انتظار سرمایه گذاران و سایر متغیرهای مالی و غیر مالی در تصمیم‌گیری‌ها دخالت می‌کنند.
ارزیابی اقتصادی پروژه‌ها دارای ویژگی‌های ذیل اند:
1-  اجرا و بهره برداری از پروژه‌ها بخشی از آرمان‌ها و اهداف سازمان است.
2- اکثر پروژه‌ها دارای هزینه یا سرمایه اولیه می باشد که معمولا مقدار آن قابل توجه و باعث تعهدات بلندمدت می‌گردد.
3- با افزایش عمر مفید پروژه‌ها معمولا بازیافت سرمایه اولیه به سادگی امکان پذیر نیست و ریسک ادامه فعالیت پروژه نیز افزایش می‌یابد.
ماهیت تصمیم
تصمیم عبارت از نتیجه و یا پایان یک فرایند است. فرایندی که داده‌ها و اطلاعات موجود در یک موضوع را تجزیه و تحلیل می‌کند و از ترکیب مناسب آن‌ها، به استراتژی مورد نظر و بهترین راه حل می‌رسد. اتخاذ تصمیم توسط مدیر یک سازمان، برای کسب یک هدف یا هدف‌های معینی می‌باشد. هدف‌های یک سازمان می‌تواند شامل سودآوری، بهره وری، ابتکار، توسعه، بازاریابی، تآمین منابع مالی، افزایش کارایی مدیریت و کارمندان و مسئولیت سازمان در مقابل جامعه باشد.
برای تصمیم گیری انتخاب یا رد یک پروژه سرمایه گذاری حداقل دو گزینه باید موجود باشد. گزینه دوم برای هر گزینه سرمایه گذاری گزینه عدم سرمایه گذاری می‌باشد. مراحل تصمیم گیری در اقتصاد مهندسی شامل 9 مرحله می باشد.
*              شناسایی موضوع: نقطه شروع در هر تلاش آگاهانه برای تصمیم گیری منطقی، شناخت موضوع، مشکل یا نارسایی و جوانب موجود می‌باشد. بدیهی است آگاهی کامل از موضوع یا مشکل سبب حل آن جهت سودآوری می‌شود. تفکر و کشف فرصت‌های سرمایه گذاری در یک پروژه تولیدی می‌تواند با بحث، تبادل نظر و بررسی موارد زیر آغاز شود. الف) شناخت کمبودها در شهر یا کشور و انتخاب یک یا چند محصول برای تولید.
ب) بررسی واردات و شناخت محصولاتی که از خارج وارد می شوند و قابل ساخت در داخل کشور می باشند. ج) تولید محصولاتی که در کشورهای دیگر قابل مصرف می‌باشند ولی در داخل کشور تولید نمی‌شوند.سرمایه گذار باید تلاش نماید اطلاعات مربوط به محصول، روش تولید و یا ساخت مواد اولیه و تجهیزات و ماشین آلات مورد نیاز را بررسی نماید.
* تعیین هدف سرمایه گذاری: با بیان اندازه یا حد مشخص در میزان سود سالیانه، تولید سالیانه، ایجاد اشتغال، سطح رضایت مندی مشتریان و یا درصد سهم بازار می‌توان هدف یک سرمایه گذاری را مشخص کرد.
* جمع آوری داده‌های مورد نیاز: از آن جا که ارزیابی اقتصادی برای دسترسی به اهدافی است که در آینده محقق می‌شوند، طبیعتا مبتنی بر ارزیابی وقایعی هستند که در آینده اتفاق می‌افتند. معمولا مشکل ترین بخش در یک ارزیابی اقتصادی، ارزیابی کمیت‌های مرتبط به آینده می‌باشد. از آن جایی که ارزیابی‌ها بیشتر مبتنی بر نتایج گذشته است، بهترین و معمول ترین منبع اطلاعات، اخذ اطلاعات کمی و کیفی از گذشته است. در یک پروژه تولیدی، اطلاعات مربوط به میزان سرمایه گذاری اولیه، قیمت محصول در بازار، قیمت محصول مشابه خارجی، هزینه‌های مختلف جهت ایجاد واحد صنعتی، درآمدهای حاصل از فروش، عمر مفید پروژه، شناخت رقبا، عمر محصول، بررسی تکنولوژی‌هایی که ممکن است باعث افزایش حجم تولید گردد، روش‌های متفاوت تولید، مواد اولیه مورد نیاز داخلی و یا خارجی و قیمت آن‌ها، مواد اولیه قابل جایگزینی، محل کارخانه، قیمت زمین و ساختمان در شهرهای مختلف و یا بسیاری از اطلاعات دیگر باید جمع آوری شوند.
* شناسایی گزینه‌های ممکن: انجام هر پروژه در قالب دو یا چند گزینه قابل بررسی است. اگر گزینه نامناسبی را به عنوان اقتصادی ترین گزینه انتخاب و در آن سرمایه گذاری نمایید، هرگز نتیجه سرمایه گذاری نمی تواند بهینه باشد. بسیاری از اوقات انتخاب گزینه صفر یا عدم سرمایه گذاری در یک پروژه مطلوب تر از اجرای آن است.
* انتخاب معیار برای تعیین بهترین گزینه: وظیفه اصلی مهندسین و مدیران صنعتی، تولیدی و خدماتی انتخاب بهترین گزینه از بین گزینه‌های ممکن است. قضاوت در مورد یک گزینه می‌تواند نسبی باشد و گزینه‌ها به صورت بدترین، بد، متوسط، خوب، بهتر و بهترین تقسیم بندی شوند. به عنوان مثال در سازمان‌های غیر انتفاعی معیار انتخاب با سازمان‌های انتفاعی متفاوت است.
* طراحی مدل: مراحل فرایند تصمیم گیری شامل هدف، اطلاعات جمع آوری شده، گزینه‌های ممکن و معیار مورد نظر باید در کنار هم و در قالب یک مدل ارائه شوند. منظور از مدل در اقتصاد مهندسی نه یک مدل فیزیکی بلکه یک مدل ریاضی است.
* محاسبه نتیجه هر گزینه: با طراحی مدل و معیار انتخابی و استفاده از روش‌های ارزیابی اقتصادی پروژه‌ها می‌توان نتیجه هر گزینه را محاسبه نمود.
* انتخاب اقتصادی ترین گزینه: در این مرحله باید از میان نتایج حاصل از بررسی اقتصادی گزینه‌ها، بر اساس معیار مشترک، اقتصادی ترین آن‌ها انتخاب شود.
* ممیزی نتایج: چنانچه پس از اجرای گزینه و با گذشت زمان مشاهده گردید که مقادیر تخمینی با مقادیر واقعی تفاوت چندانی ندارد، نشان دهنده دقت در تخمین مقادیر در آینده بوده و در غیر این صورت باید مقادیر تخمینی مجددا مورد بررسی قرار گیرند و با استفاده از روش‌های مالی، مدیریتی و تکنولوژیکی تفاوت مقادیر تخمینی با مقادیر واقعی به حداقل برسد.
خلاصه آن که ممکن است اجرای یک پروژه از ابعاد مختلفی مورد ارزیابی قرار بگیرد. بعد فرهنگی، اجتماعی، اقتصادی و حتی سیاسی. ولی آن چه به یک کارشناس اقتصادی و ارزیاب طرح مربوط می شود جنبه‌های سودآوری مادی طرح است. گرچه ممکن است در ارزیابی پروژه‌های دولتی مسئله سود خالص در اولویت قرار نگیرد و متغیرهایی چون اشتغال و توسعه منطقه ای نیز لحاظ شود ولی حتی در یک بنگاه غیرانتفاعی پوشش هزینه‌های یک طرح و عدم زیان دهی اساس تصمیم گیری را شکل می دهد. ارزیابی دقیق پروژه‌ها از اتلاف منابع مالی جلوگیری می کند و زمینه شناسایی و بهره برداری از مزیت‌های نسبی را در اقتصادهای ملی فراهم می نماید. تکنیک‌های ارزیابی پروژه و سافت ویرهای تهیه شده از سوی متخصصین این فن، به کارشناسان این امکان را می‌دهد تا قبل از اجرای یک پروژه برآورد دقیقی از هزینه‌ها و درآمدهای آن داشته و میزان سودآوری آن را اندازه گیری کنند. به باور اکثر صاحب نظران یکی از دلایل شکست سرمایه گذاری‌ها در جهان سوم، عدم ارزیابی درست از طرح‌های اقتصادی است. یعنی نبود مطالعات فرصت و عدم رواج تکنیک‌های ارزیابی سبب شده است پروژه‌های اقتصادی در مراحل اولیه ساخت خود تعطیل شده و هنوز به فاز بهره برداری نرسیده استهلاک را تجربه نمایند.