وقتی به تاریخ بنیادگرایی دینی نگاه کنیم درمی‌یابیم که فلسفه وجودی بنیادگرایی نیازمند دشمن پنداری و دیگر هراسی است. بنیادگرایی اسلامی مانند بنیادگرایی یهودی و مسیحی نیز متأثر از این مسأله است. اساساً بنیادگرایی در جهان اسلام بنا بر نقل و قول تاریخ برمی‌گردد به ابن تیمیه که مغولان سرزمین‌های اسلامی را یکی پس از دیگری به تصرف خود درآوردند و بغداد مرکز خلافت عباسی را درهم کوبیدند. ابن تیمیه و هم‌نسلان او برای رهایی از حقارت و شکست در برابر قدرت بیرونی (مغولان) چاره‌ای جز بازگشت به اسلام اولیه ندیدند. ازآنجایی‌که جامعه بشری در حال تحول است و بازگشت به قرون گذشته ناممکن می‌نماید، بنیادگرایان برای تحقق اهداف خود، خشونت‌ورزی را تنها گزینه ممکن می‌پندارند. کاربرد جهاد و تصور بازگشت به اسلام اولیه نتوانست اوضاع نابسامان قرن سیزدهم را بر وفق مراد ابن تیمیه بسازد. بعد از مغولان (چنگیزیان و تیموریان) اروپای عصر جدید به سرزمین‌های اسلامی- عربی روی آوردند و مسأله استعمار به میان آمد. جهان اسلام دیگر قادر نبود که قدرت دوران اموی یا عباسی را به رخ اروپاییان بکشد از همین رو بار دیگر بازگشت به اسلام اصیل و استفاده از جهاد ابتدایی در مخیله اندیشمندان دینی آن دوران مانند محمد ابن عبدالوهاب رسوخ یافت. در این دوران بنیادگرایی مذهبی صرفاً در ضدیت با غرب یا جهان مسیحیت خلاصه نمی‌شد بلکه سایر فرق اسلامی نیز باید از دم تیغ گذرانده می‌شد تا زمینه بازگشت به اسلام ناب فراهم می‌شد. در قرن نوزدهم بنیادگرایان در تلاش برای برقراری حکومت اسلامی بودند که گاهی اوقات به‌عنوان ابزار در اختیار روسیه تزاری وگاهی در اختیار بریتانیای کبیر قرار می‌گرفتند. خلافت عثمانی آخرین امید بنیادگرایان دینی پنداشته می‌شد ولی آن‌هم توسط کمال آتاتورک در ربع اول قرن بیستم برچیده شد. بعد از جنگ دوم جهانی و آغاز جنگ سرد میان شوروی و آمریکا، بنیادگرایان اسلامی در تمامی خاورمیانه و جنوب آسیا به ابزار بسیار مفید برای این ابرقدرت‌های جهان در راستای اهداف استراتژیک آن‌ها تبدیل شدند. برای نمونه می‌توان گفت آمریکا از بنیادگرایی دینی در راستای درهم کوبیدن شوروی در افغانستان نهایت استفاده برد. آمریکا در ویتنام به‌صورت بسیار مفتضحانه شکست‌خورده بود و تا حدودی وجهه بین‌المللی خود را ازدست‌داده بود و برای ترمیم این وجهه باید در عرصه جهانی کاری مهمی را به انجام می‌رساند.
آمریکا با همکاری نزدیک سعودی و پاکستان در دهه هشتاد پول، اسلحه، اطلاعات نظامی و رهنمایی جنگی در اختیار مجاهدین قرار می‌داد تا بتواند شوروی را در افغانستان زمین‌گیر نماید. یکی از مهم‌ترین سلاح‌هایی که نیروهایی هوایی شوروی را در افغانستان با مشکل جدی روبرو نمود عبارت از موشک‌های استینگر بود. بنیادگرایانی که به کمک غرب به‌خصوص آمریکا تقویت یافته بودند، بعد از فروپاشی شوروی یکی از مهم‌ترین عناصر تهدیدکننده امنیت بین‌الملل به شمار می‌رفتند و امروزه نیز چنین است. القاعده بعد از خروج شوروی از افغانستان، تشکیل گردید و مهم‌ترین هدف خود را دشمنی با غرب و جهاد جهانی اعلان نموده بود. طالبان و سپس داعش نمونه‌های از بنیادگرایی دینی به شمار می‌روند که برای بقا و دوام خود نیازمند وجود یک دشمن حقیقی یا خیالی هستند. طالبان به دشمن پنداری درون دینی روی آوردند در حالی که داعش دشمن پنداری بیرونی و درونی را در بردارد. از منظر داعش تمامی سرزمین غیر اسلامی دارالحرب پنداشته می‌شوند و باید آن را نابود کرد و به همین ترتیب فرقه‌های مذهبی اسلامی که باب میل آن‌ها نیستند نیز باید از بین بروند.
پرسشی که در اینجا مطرح می‌شود این است که پیامدهای احتمالی صلح با طالبان چیست و کدام آینده در انتظار بنیادگرایی دینی در افغانستان است؟
اگر این‌گونه فرض کنیم که دولت افغانستان و ایالات‌متحده با طالبان به مصالحه دست یابند می‌توان گفت بنیادگرایی با توجه به دو جریان داخلی و جهانی در افغانستان متأثر خواهد بود. جریان یا عامل داخلی عبارت از توانایی‌های دولت مرکزی در نهادینه‌سازی فرهنگ تکثرگرایی، گسترش آموزش همگانی غیر خشونت زا و مقابله با ورود نفرت پراکنی و تفکر جهادی از کشورهای منطقه است. وقتی دولت مرکزی بر تمامی بخش‌های کشور تسلط یابد و برای فراگیر سازی آموزش رسمی برای تمامی کودکان واجدالشرایط زمینه تعلیم و تربیت را فراهم نماید، می‌تواند در راستای برچیدن یا حداقل اصلاح یا نظارت بر مواد آموزشی مدارس دینی اقدام نماید. هرگاه در نصاب درسی مدارس دینی تغییرات سازنده رونما شود، بخش مهم از تفکر خشونت‌ورزی و نفرت پروری کاهش می‌یابد و این موضوع می‌تواند یک دستاورد بسیار مهم در عرصه مبارزه با بنیادگرایی محسوب شود. عامل یا جریان جهانی بسیار قدرتمندتر از توان دولت افغانستان است. بعد از بهار عربی و سرنگونی حکومت‌های سرکوبکر در مصر، لیبیا و شکل گیری خلا قدرت در عراق و سوریه زمینه رشد بیشتر گروه های تروریستی و بنیادگرا فراهم شد. ازآنجایی که افغانستان همیشه از فرهنگ دینی خاورمیانه و جنوب آسیا متأثر بوده است، گسترش یا تضعیف گروه‌های بنیادگرا می‌تواند در این مناطق تأثیر مستقیم بر بنیادگرایی دینی در افغانستان داشته باشد. دولت‌هایی که در خاورمیانه از بنیادگرایی به‌عنوان اهرم فشار در سیاست خارجی خود استفاده می‌نمایند، همیشه نیازمند دشمن‌تراشی هستند زیرا در نبود دشمن آن‌ها با مطالبات قدرتمند داخلی  در عرصه برقراری دموکراسی، برابری زنان و مردان، حقوق اقلیت‌ها و توزیع عادلانه ثروت در کشور روبرو می‌شوند و این‌ها چیزی های هستند که بسیاری از دولت‌های خاورمیانه نمی‌توانند از عهده انجام آن بربیایند و به همین دلیل همیشه تلاش می‌کنند به سیاهه نمایی و دشمن پنداری روی بیاورند. اکثریت مطلق مردم افغانستان به‌شدت مذهبی هستند و به‌طور سنتی جریان‌های مذهبی خاورمیانه در افغانستان از نفوذ قوی برخوردار بوده‌اند. به همین ترتیب جوانان افغانستان در هر جنگ نیابتی و رقابت های منطقه‌ای تحت عنوان‌های مذهبی مورداستفاده قرارگرفته‌اند. درصورتی‌که دولت مرکزی افغانستان قادر به کنترل و نظارت جریان‌های مذهبی افغانی مرتبط به کشورهای خاورمیانه و پاکستان نباشد در آن صورت قدرت گیری بنیادگرایان در خاورمیانه و شمال آفریقا می‌تواند تبعات ویرانگر داشته باشد. درنتیجه می‌توان به پرسشی که در بالا مطرح گردید این‌گونه پاسخ گفت. هرگاه دولت افغانستان به لحاظ کارکردی بتواند از ورشکستگی نجات یابد و به‌عنوان یک دولت کارکردهای لازمی را از خود در عرصه اقتصادی و فرهنگی ارائه نماید در آن صورت می‌تواند در راستای مهار بنیادگرایی و  تفکر خشونت‌ورزی و جلوگیری از استفاده ابزاری از باورهای مذهبی افغان‌ها در منازعات منطقه‌ای خاورمیانه موفق باشد. افت‌وخیز بنیادگرایی در سطح جهانی می‌تواند بر تفکر بنیادگرایانه در افغانستان نیز تأثیرگذار باشد. این مسأله بازهم به توانایی‌ها و سیاست ورزی نخبگان کشور برمی‌گردد که از اسلام سیاسی به‌عنوان ابزار استفاده می‌کنند و یا منافع ملی را بر منافع فردی یا فرقه‌ای ترجیح می‌دهند.