يکي از خلاهاي اساسي در سامانه ساختاري و تشکيلاتي نهادهاي دولتي، که متناسب با نيازهاي عصري و در تطابق با قانون اساسي جديد کشور باشد، فقدان قانون تشکيلات اساسي دولت و قانون اداره محلي است. تاهم ‎اکنون قانون تشکيلات اساسي دولت سال 1344 و قانون اداره محلي سال 1421 هجري قمري ملاک و معيار عمل قرار دارد. قانون تشکيلات اساسي دولت و قانون اداره محلي از قوانين بسيار مهم است که چارچوب، صلاحيت‌ها و محدوديت‌هاي ادارات هر سه قوه، درآن قانون مشخص و معين مي‌شود. با تدوين و تصويب اين قانون، بخش بزرگي از چالش‌ها در نهاد‌هاي دولتي از ميان برداشته شده و صلاحيت‌ها، مسؤوليت‌ها و مرز واحد‌هاي اداري مشخص خواهد شد.
براساس قانون نافذ تشکيلات اساسي دولت و قانون اداره محلي، ساختار اداري کشور به دو بخش؛ اداره مرکزي و اداره محلي تقسيم شده است که اداره مرکزي داراي 14 وزارت خانه و اداره محلي آن در چوکات ولايات چارچوب بندي شده است.  ولي بعد از تصويب قانون اساسي جديد در سال 1382 و دموکراتيک ساختن ادارات کشور، صورت بندي ديگري پيش بيني شده است. در ماده 136 قانون اساسي سال 1382 آمده است که:«اداره جمهورى اسلامى افغانستان بر اساس واحدهاى ادارهء مرکزى و ادارات محلى، طبق قانون، تنظيم مي‌گردد. اداره مرکزى به يک عده واحدهاى ادارى منقسم ميگردد که در راس هر کدام يک نفر وزير قرار دارد. واحد اداره محلى، ولايت است. تعداد، ساحه، اجزا و تشکيلات ولايات و ادارات مربوط، براساس تعداد نفوس، وضع اجتماعى و اقتصادى و موقعيت جغرافيايى توسط قانون تنظيم ميگردد» بربنياد اين ماده قانون اساسي ضرورت تغييرات نسبتا اساسي در ساختار اداري کشور، پيش بيني شده است که حد اقل در سه محور تغيير بنياديني بايد صورت بگيرد:
1. ايجاد اداره مرکزي.
2. ايجاد اداره محلي
3. رعايت معيارهاي نفوس، وضع اجتماعي و اقتصادي و موقعيت جغرافيايي براي ايجاد اداره محلي.
پيش بيني اين ماده قانون اساسي درکنار ماده يكصد و سي و هفتم آن، حكومت را موظف مي‌کند تا:« با حفظ اصل مركزيت به منظور تسريع و بهبود امور اقتصادي، اجتماعي و فرهنگي و سهم‌گيري هر چه بيشتر مردم در انكشاف حيات ملي، صلاحيت هاي لازم را مطابق به احكام قانون به اداره محلي تفويض نمايد». براين اساس، تغيير در ساختار تشکيلاتي دولت بيش از پيش ضرورت يافته است.
اين ضرورت در ماده يكصدو پنجاه و نهم قانون اساسي مورد تاکيد قرار گرفته و تصريح شده است که:« بعد از انفاذ اين قانون اساسي تا تاريخ افتتاح شوراي ملي، دوره انتقال شمرده مي شود. دولت انتقالي اسلامي افغانستان، در دوره انتقال، وظايف ذيل را انجام مي دهد: 1 - اصدار فرامين تقنيني مربوط به انتخابات رياست جمهوري، شوراي ملي و شوراهاي محلي در مدت شش ماه؛ 2 - اصدار فرامين در مورد تشكيلات و صلاحيت محاكم و آغاز كار روي قانون تشكيلات اساسي در خلال مدت كمتر از يك سال؛ 3 - تشكيل كميسيون مستقل انتخابات؛ 4 - انجام اصلاحات لازم به منظور تنظيم بهتر امور اجرائي و قضايي؛ 5 - اتخاذ تدابير لازم جهت آماده ساختن زمينه براي تطبيق احكام اين قانون اساسي».
براساس اين ضرورت ها تنها قانون تشکيلات اساسي دولت در دستور کار حکومت رئيس جمهور کرزي قرار گرفت که به اساس حکم شماره (3974) مورخ 4 حوت 1384 رئيس جمهورى اسلامى افغانستان وزارت عدليه موظف ساخته شد تا به تاسى از فقره 2 ماده 159قانون اساسى، قانون تشکيلات اساسى را به همکارى کميسيون مستقل اصلاحات ادارى و خدمات ملکى، رياست عمومى اداره امور و دارالانشاى شوراى وزيران و ساير مراجع ذيربط ترتيب و غرض طى مراحل قانونى به شورا وزيران و بعداً به شوراى ملى ارائه شود.
در پي اين حکم، طرح اوليه اين قانون پس از تسويد و تدقيق به تاريخ 12 سرطان 1385 شوراى وزيران به داخل (6) فصل و (59) ماده به اتفاق آراء مورد تائيد و مطابق احکام مواد (95) و (97) قانون اساسى به تاريخ 8 اسد 1385توسط دفتر وزير دولت در امور پارلمانى، غرض تصويب به شوراى ملى تقديم گرديد که پس از بحث‌هاي زيادي تصويب نشد.
اين تصميم به دليل اينکه قانون اداره محلي را پوشش نداده و در آن رابطه تصميمي اتخاذ نشده بود، ناقص و بدون دست آوردگره ‎گشايانه اي بود که صورت گرفت ولي در عين حال اصل طرح قانون تشکيلات اساسي دولت نيز داراي معايب و نقايص جدي بود. براساس معلومات برخي از نمايندگان مجلس شوراي ملي، عمده ترين نقص اين طرح قانوني، عدم اصلاح و بنياد گذاري تشکيل واحدهاي اداري براساس معيارهاي رعايت نفوس، وضع اجتماعي و اقتصادي و موقعيت جغرافيايي ماده 136 قانون اساسي، براي ايجاد اداره محلي بود که به همين دليل مورد تصويب نيز واقع نشد.
جالب است که تدوين قانون تشکيلات اساسي دولت يکي از مواد توافقنامه حکومت وحدت کلي نيز مي باشد. در ماده چهارم موافقت‌نامه سياسي ميان دو تيم انتخاباتي در مورد ساختار حکومت وحدت ملي آمده است:«حکومت وحدت ملي متعهد است تا قانون تشکيلات اساسي دولت را تصويب و نافذ گردانيده، مرزها و حدود واحدهاي اداري محلي را از مجاري قانوني تعيين نمايد». هرچند ممکن است که اصلاح واحدهاي اداري و تعيين حدود و مرزهاي واحد هاي اداري محلي در قانون تشکيلات اساسي دولت پيش بيني شود ولي در عين حال بدون اصلاح، تعديل و احيانا طرح جديد قانون اداره محلي، ناقص و ابتر خواهد ماند.
بربنياد اين تحليل، تدوين قانون تشکيلات اساسي دولت در چارچوب ماده 136 قانون اساسي يک ضروت است که حکومت وحدت ملي براساس تعهدات خويش بايد به آن پرداخته و جز اولويت ‎هاي تقنيني خويش قرار دهد. به خصوص کميته قوانين کابيه جمهوري اسلامي افغانستان مسئوليت تاريخي در اين جهت بر عهده دارد تا در جهت رفع مشکلات عديده چون؛ اصلاحات اداري، مشکلات حوزه هاي اتخاباتي، دموکراتيک ساختن نظام اداري و تامين مشارکت شهروندان در اداره محلي و... اقدامات جدي و اصلاح گرايانه اي انجام دهد. ولي در عين حال تدوين قانون تشکيلات اساسي دولت به تنهايي کافي نبوده و ضرورت است در کنار اين قانون، قانون اداره محلي نيز بايد در اولويت اصلاحات تقنيني حکومت وحدت ملي قرار بگيرد. که در اين صورت معضل بزرک و تاريخي کشور حل گرديده و حکومت داري خوب و شايسته به اهداف خود نزديک خواهد شد.