در دوران پساطالبان، ايجاد مؤسسات تحصيلات عالي خصوصي فرصت بسيار مغتنمي بود که بوجود آمد. البته بسيار طبيعي مي‌نمود که چنين مراکزي ايجاد شود؛ زيرا زيرساختارهاي بخش دولتي به دليل محدوديت هاي که داشت نمي توانست جوابگوي سيل عظيمي از متقاضيان باشد. با توجه به همين موضوع نيازهاي روز ايجاب مي نمود که مؤسسات تحصيلات عالي خصوصي ايجاد گردد تا بتواند نيازهاي زمانه را در اين بخش مرفوع سازد.
البته بايد توجه داشت که اولا تمرکز روي نقاط ضعف، ناديده گرفتن نقاط قوت و برجست‌گي‌هاي اين مؤسسات نيست، ثانيا مشکلات قابل اشاره قابل تطبيق بر همه مؤسسات و دانشجويان نيست، اما اکثر مؤسسات را شامل مي‌گردد. بدهي است که روي سخن ما بخش زيادي از اين مراکز علمي و آموزشي است نه عده‌اي معدودي که از اين دايره بيرون است. با استثناي برخي از اين مؤسسات، لازم است در باره مشکلات و چالش‌هاي موجود در اکثر اين مراکز اشاره گردد؛ زيرا آموزش آن‌هم در سطوح عالي از مهم ترين مقطع محسوب مي‌گردد و چشم پوشي از مشکلات زيان‌هاي انساني زيادي را در پي خواهد داشت. بنا براين در نوشته حاضر به برخي از مشکلات اين مراکز اشاره مي‌شود. نکته‌ي ديگري که بايد به آن توجه نمود اين است که گفته‌هاي موجود صرفا تحليل ذهني نيست، بلکه گزارشي از واقعيت‌هاي ملموسي است که نگارنده سال‌ها از نزديک با اين مشکلات مواجه بوده و با تمام وجود آن را لمس نموده است.

جذب محصلان باپايه‌هاي ضعيف
اگرچه در ميان دانشجوياني که جذب موسسات تحصيلات خصوصي مي‌گردد ممکن است افراد لايق و درسخوان وجود داشته باشد، اما بايد اذعان نمود که بيشتر محصلان پايه‌هاي آموزشي شان بسيار ضعيف مي‌باشند. البته ريشه اين مشکل در معارف و مقطع آموزش عمومي است که از صنف اول شروع شده تا صنف دوازده ختم مي‌شود. بي‌سوادي آن قدر زياد است که اکثر دانشجويان از خواندن يک متن ساده فارسي و نوشتن آن عاجز است. اين سخن چيزي نيست که اغراق باشد، بلکه شخصا آن را باربار در صنف‌ها تجربه نموده ام که بسياري از دانشجويان قادر به روان خواندن يک متن فارسي نبوده از درک کلمات ساده روز مره ناتوان مي‌باشند. مهارتي که بايد دوره مکتب کامل مي‌شد و دايره کلمات و واژه هاي مورد نياز تا حدودي براي دانش‌آموزان تکميل مي‌گرديد که نشده است و باتأسف که خلأ بسيار جدي در ابتدايي ترين گام آموزش وجود دارد و همين امر سبب مي‌شود که در روند آموزش مشکلات بسيار جدي ايجاد نمايد.

سهل‌گيري در طول دوره آموزشي
در طول دوران تعليمي دوازده ساله، به دلايل مختلفي بسياري از معلومات لازم و مهارت‌هاي مورد نياز در متعلمين بوجود نمي‌آيد، اما مي‌توان اين نقايص را باتلاش و کوشش دانشجويان در طول تحصيل در مقطع ليسانس برطرف کرد، اما بايد سوگمندانه پذيرفت که اين دوره نيز مانند دوره دوازده ساله تعليمي با بي‌توجهي و بي ميلي ادامه يافته و چندان تغيير شناختي و مهارتي در دامنه‌ي معلومات دانشجويان ايجاد و مشاهده نمي‌شود. در اين مقطع نيز به دليل نوع نگاه هم از سوي دانشجويان و هم از سوي بنيانگذاران مؤسسات تحصيلات عالي، بيش از پيش با سهل گيري و مسامحه کاري رو به رو مي‌باشد؛ زيرا دانشجو مي پندارد که در برابر پولي که به مؤسسه پرداخت مي‌نمايد تعهدي در قبال کسب دانش نمي‌کند. او حس مي‌کند که در برابر پولي که داده است بايد نمره هم به او تعلق گيرد. از اين‌رو رنج دانش اندوزي را به خود راه نداده و هيچ تلاشي براي طلب آگاهي نکرده و زحمت يادگيري به خود نمي‌دهد. چنين پنداري وقتي تقويت مي‌شود که در برخي از مؤسسات براي داغ نگهداشتن بازار، بخشنامه و يا آيين نامه‌اي را به تصويب مي رساند که دانشجو مي‌تواند بيش از هفت جلسه در درس نيامده و از اين حق مسلم خويش استفاده کرده و نيمي از سمستر در درس‌ها حاضر نباشد. يعني کسي که با چنين سهل‌گيري مواجه باشد و الزامي براي حضور در صنف نداشته باشد، عملا از دانش بهره‌اي نخواهد داشت. وضعيت بدتر اين است که دانشجو مطمئن است که رد شدن و محروم شدن از رفتن به سمستر بالاتر وجود ندارد و با دادن مبلغ ناچيزي مي‌تواند در صنف سال بعد بنشيند. همين آسان گيري و مسامحه کاري راهي را باز مي‌کند تا مشکل بي‌سوادي در طول دوره ادامه يافته و برخورد جدي به اين معضل صورت نگيرد.

بي‌توجهي به تحقيق و پژوهش در کنار آموزش
تحقيق و پژوهش در کنار آموزش يکي از ضرورتي ترين موضوعي است که امروزه مورد توجه جدي مراکز آموزش عالي است. آموزش بدون پژوهش مانند پرنده‌اي است که يک بال داشته باشد. تحقيق در کنار آموزش مي تواند خلأ ناشي از آموزش را پرسازد. صاحب نظران عمده ترين هدف از پژوهش را کشف حقايق تازه علمي مي دانند. تنها در سايه تحقيق و پژوهش است که توليد انديشه صورت مي‌گيرد. مطالعات تطبيقي در زمينه‌اي فعاليت هاي پژوهشي ممالک موفق، حاکي است که اين کشورها پيوسته در صدد جست و جوي انديشه هاي جديد و تازه مي‌باشند براي تحقيق هزينه‌هاي کلاني را اختصاص مي‌دهند. کشورهاي چون جاپان، انگلستان، آمريکا، آلمان و...اهميت زيادي براي تحقيق و فعاليت هاي پژوهشي قايل اند، از اين رو دانشجويان و پژوهشگران بويژه در مقاطع کارشناسي ارشد و دکتري همراه با استادان خود به کارهاي پژوهشي مشغولند.
تاريخ دانشگاه‌هاي دولتي کشور نشان مي‌دهد که از بدو تأسيس تا کنون، به کشف تازه‌اي دست نيافته اند و ابداع قابل توجهي از سوي دانشجويان صورت نپذيرفته است و علت اين نازايي فکري و عقيم بودن انديشه بي‌توجهي به تحقيق و پژوهش است. اين مشکل‌ در مؤسسات تحصيلات خصوصي به صورت جدي تري وجود دارد. متصديان مؤسسات تحصلات عالي خصوصي به دليل نوع نگاهي که به موضوع دارند چندان اهميتي براي امر تحقيق و پژوهش قايل نيستند؛ زيرا تحقيق موضوعي است که هزينه بر است و بايد پولي زيادي در اين بخش اختصاص بدهند که از نظر آن‌ها چندان مقرون به صرفه نيست، از اين‌رو بدهي است که مسأله پژوهش جايگاهي در نظام تحصيلات عالي خصوصي نداشته باشند، بليه‌اي که خسارت جبران ناپذيري براي محصلان و جامعه خواهند داشت. محصول چنين نگرش اين است که بعد از دوره آموزشي تنها چيزي که دانشجويان کمايي خواهند کرد يک صفحه کاغذي است که به او داده خواهد شد و بايد آن را قاب کرده در ديوار آويزان نمايند.

بي‌توجهي به کتاب و فرهنگ کتابخواني
با تأسف بايد اذعان نمود که از ابتدا ذايقه‌ي دانشجويان فقط با نوت‌هايي که در صنف‌ها مي‌گيرند عادت کرده اند و اصولا چيزي غير از اين نمي‌شناسند. البته مصيبت به همين جا ختم نمي‌شود بلکه فراتر از اين مسئله است. آن اين که نوت‌هاي که توسط دانشجويان گرفته مي‌شوند به دليل ضعف‌هاي که قبلا ياد آورشدم کامل نيست و اغلب ناقص گرفته مي‌شود. عادت به نوت‌خواني آن قدر بر ذهن و روان آن‌ها سايه انداخته است که از مطالعه و خواندن چپتر چند ورقي که توسط استاد تهيه شده است، ابا مي‌ورزند و از زير بار مطالعه آن شانه خالي مي‌کنند. اکتفا به يادداشت‌هاي ناقص و بي توجهي به متون علمي سبب مي‌شود که دانشجو بسيار سطحي بار بيايد. با اطمينان مي‌توان گفت که اصولا فرهنگ کتاب‌خواني و مراجعه به کتاب در ميان دانشجويان بسيار پايين است و تعداد دانشجويان کتاب‌خوان در يک موسسه به تعداد انگشت نخواهد رسيد.  دانشجويان آن قدر تنبل ذهني است که حوصله کتاب‌خواني نداشته و رنج کسب دانش را به خود راه نمي‌دهند. اين مرض به صورت پايدار در فضاي کل کشور و از جمله در مؤسسات تحصيلات عالي خصوصي حاکم است که تا درمان نشود کشورهم از بليه‌اي جهل رهايي نخواهد يافت.

فضاي نامناسب آموزشي
آموزش امري است که بايد در فضاي امن و آرام انجام شود. سرو صدا و ايجاد مزاحمت در روند آموزش اخلال وارد کرده يادگيري عملا صورت نمي‌گيرد؛ زيرا سازه‌هاي ذهني و رواني ما به گونه‌اي سامان داده شده است که در شرايط خاص مي‌تواند مطلب را درخود ثبت و ضبط نمايد. از اينرو در فضاهاي ناآرام که تمرکز حواس صورت نگيرد، يادگيري هم اتفاق نمي‌افتد.
مؤسسات تحصلات عالي خصوصي به طور غالب در اماکني ارايه خدمات مي‌نمايند که اصولا براي فضاي آموزشي ايجاد نشده و مناسب نيست. مؤسسات، يا خانه‌اي و يا مارکتي را اجاره کرده اند و با تغييرات اندک صنف‌هاي خويش را داير مي‌نمايند. نزديکي صنف‌ها آن‌هم با ديوارهاي غير استندرد، و نازک به راحتي صداها از ديوارها نفوذ کرده، شرايط آموزشي را به هم مي‌زند. گذشته از فضاهاي تنگ و جمعيت انبوه در يک صنف و ايجاد سر و صداي زياد، مشکلاتي از قبيل نبود تهويه هواي مناسب و نورکارفي، تمييز نبودن ديوارهاي صنف که هرکدام به عنوان مانع يادگيري، مشکلات زيادي را بوجود مي‌آورد، چالش‌هاي جدي است که فراروي اين مؤسسات وجود دارد.
البته اين ها برخي از مشکلاتي بود که مورد اشاره قرار گرفت،  مشکلاتي از قبيل ضعف شديد مديريتي، نبود تکنولوژي آموزشي، نبود فضاي سبز، نبود اماکن تفريحي و ورزشي، تقلب در امتحانات و... از ديگر موضوعاتي است که اين مؤسسات با آن روبه رو هستند.