فساد اداري يک چالش مهم در مسير توسعه و انکشاف همه جانبه به شمار مي آيد. فساد اداري در عين حالي که روند پيش رونده بازسازي و نوسازي را متوقف مي سازد، زمينه هاي جرايم سازمان يافته ديگر را نيز در کشور فراهم مي سازد. امروزه تمام مشکلات افغانستان اعم از مواد مخدر و تروريسم و ضعف و نارسايي هاي اداري همه به گونه اي با فساد اداري ارتباط پيدا مي کند.
اگر ظرفيت و توانايي کارمندان در ادارات مطلوب نيست و اگر سيستم اداري در مجموع جوابگوي نيازها و تقاضاهاي ملي نيست و اگر بازدهي سيستم، ناقص و نارسا است؛ ريشه همه آنها را مي‌توان به يکي از مصادق فساد اداري پيوند داد. تجاوز از حد وظايف و صلاحيت‌ها، مداخله مقامات دولتي در کارهاي مأموران و کارمندان دولت، استنکاف از انجام وظيفه، عدم رعايت تشريفات اداري، تصميم‌گيري‌هاي فراقانوني و يا مخالف قانون که در ادارات افغانستان به طور نهادينه شده جريان دارد؛ امروزه نه تنها به‌عنوان يکي از مصادق فساد اداري مورد پيگيري قضايي قرار نمي‌گيرد، که چه بسا تشويق مأمورين خاطي را نيز در پي دارد، انبوهي از مشکلاتي را باعث گرديده که کل سيستم فرسوده اداري ما را دچار اختلال نموده و يا در مواردي از کار انداخته است.
سؤ استفاده از مناصب دولتي، تضييع اموال و دارايي‌هاي عمومي توسط صاحبان قدرت، مخفي کردن عوايد حاصله از ارتکاب فساد، ثروت‌اندوزي غير قانوني، کسب سودهاي نامشروع، تطهير پول و عوايد به دست آمده از طريق فساد و ... همه در کنار هم قرار گرفته‌اند و هيولايي را به نام «فساد اداري» تشکيل داده اند که در حال حاضر متأسفانه به تمام ادارات در مرکز و ولايات نفوذ کرده است. اين روند مشکلاتي را در جريان کارها و امورات زندگي مردم پيش آورده و آنها را نسبت به ادارات بي‌اعتماد ساخته و ناامني رواني و اجتماعي را در جامعه دامن زده است.
ادامه و پيامد اين روند انجام اعمال غير قانوني را ترويج مي‌کند و روحيه اطاعت از قانون و قانونپذيري را تا حدي زيادي ضعيف مي‌سازد. امروزه فساد اداري در افغانستان از حالت فردي و شخصي بيرون آمده و به صورت شبکه‌اي و تشکيلاتي انجام مي‌شود و يگانه دليل ناکامي دولت در امر مبارزه با فساد اداري را نيز مي‌توان به شبکه‌اي و تشکيلاتي بودن آن ارتباط داد. وقتي فساد به صورت گروهي و دسته جمعي و در قالب يک تشکيلات پيچيده، هماهنگ و اعلام ناشده، تحقق پيدا مي‌کند، از يک سو کشف و مستندسازي آن دشوار مي‌گردد و از سوي ديگر مبارزه و مقابله با آن با خرابي کل سيستم منجر مي شود و پيامدهاي بسيار ناگواري را در پي مي‌آورد و ترس از همين پيامدها برخي مصلحت گرايي‌ها را در عرصه اجرايي و قضايي کشور ناگزير مي‌سازد و کارمندان فاسد در سايه همين مصلحت‌گرايي‌ها دامنه فعاليت‌هاي‌شان را گسترده‌تر و کارکرد تشکيلاتي‌شان را منظم‌تر و پيچيده تر مي‌سازند.
امروزه در افغانستان خلاء قانوني، فقر و محروميت، زياده‌خواهي و انگيزه‌هاي ثروت‌اندوزي و قدرت طلبي عواملي اند که در فقدان يک سيستم قدرتمند و نبود يک اراده قوي سياسي و قضايي، زمينه‌هاي مناسبي را براي تحقق انگيزه‌هاي فردي، گروهي، حزبي و حتا مذهبي آماده و فراهم ساخته است.
بزرگترين اشتباه در رويکرد مبارزه با فساد اداري در افغانستان نگاه فردگرايانه به اين پديده است. يعني مسؤولين مبارزه با فساد همواره به دنبال پيدا کردن آدرس افراد و اشخاصي مي‌گردند که ممکن است به نوعي در فساد دست داشته باشند و تصور بر اين است که با حذف و برکناري اشخاص آلوده به فساد از بدنه ادارات، ريشه فساد خشک مي‌شود.
در حالي که زندگي پيچيده امروزي و وسعت و عمق کارکردهاي اداري و بررسي نقش اشخاص و افراد در نظام‌هاي سياسي و اداري، به صورت روشن نقص و اشتباه رويکرد فوق را آشکار مي‌سازد؛ زيرا اشخاص در نظام‌هايي که عمدتاً بر مبناي دموکراسي و اصل تفکيک قوا پي ريزي شده‌اند، اهميت اساسي و محوري ندارند.  نه با رفتن يک فرد، سيستم اداري از کار مي‌افتد و نه با آمدن فرد ديگر تحول اعجاب‌انگيزي در کارکرد سيستم به وجود مي‌آيد.در عصر مدرن وجود سازمان و سيستم اداري و سياسي، اهميت ويژه پيدا کرده و نقش افراد تنها در چوکات سازمان و نظام اداري تعريف مي‌شود.
بنا بر اين فساد اداري پيش از آن که معلول ويژگي‌هاي رفتاري و هنجاري افراد باشد، بر آيند عقب‌ماني و توسعه نيافتگي نظام‌هاي سياسي و اقتصادي است.
در افغانستان اما؛ با وجودي که نظام دموکراسي مبتني بر اصل تفکيک قوا حاکم مي‌باشد و گردش نخبگان در مواد قانون اساسي به صراحت پذيرفته شده است، بازهم به دلايل ويژگي‌هاي تاريخي و جامعه‌شناختي، هنوزهم افراد و اشخاص نقش محوري در تصميم‌گيري‌ها و کارکردهاي سازمان دارند و اصولاً‌ کارهاي سازماني و گروهي بر رفتارها و کارويژه‌هاي افرادي تکيه دارد که در مرکزيت آن سازمان قرار گرفته اند و در فرايند تصميم‌گيري‌ها و تصميم‌سازي‌هاي سازماني و گروهي شريک مي‌باشند. از اينرو گفته مي‌توانيم که در افغانستان علاوه بر تحليل ساختارهاي کلان جامعه، رفتارها و منش‌هاي کارگزاران حکومتي نيز اهميت پيدا مي‌کند.
قرار گرفتن يک فرد خوب، شايسته و متعهد به ارزشهاي ملي، در بالاي هرم يک اداره مي‌تواند در کاهش فساد اداري کارساز باشد، به شرطي که نظام اداري خود مولد فساد و بستر رشد و نموي عوامل فسادانگيز نباشد.
چنانچه نظام اداري از ويژگي‌ ساختار قبيلوي برخوردار باشد و معيارهاي سامانمندي را در خود نداشته باشد، جابجايي و گزينش افراد در ادارات کارساز نخواهد بود. به همين خاطر تشکيل کميسيون مستقل اصلاحات اداري و کميسيون عالي مبارزه با فساد اداري و کميسيون نظارت بر کارکرد مبارزه با فساد اداري در کنار نهادهاي عدلي و قضايي، نه تنها هيچ گرهي را وا نمي‌کند، که مشکلات عديده ديگري را نيز خلق مي‌کند، تورم اداري و ستبر کردن ادارات بدون سامانمندي معياري، جز بالا بردن ميزان فساد، تداخل کاري و ايجاد فضاي بي اعتمادي پيامد ديگري نخواهد داشت.
همانطوري که فساد اداري در افغانستان يک پديده اجتماعي، تاريخي و يک بيماري مزمن و خطرناکي است که از دوران‌هاي گذشته به ارث رسيده، مبارزه با آن نيز طي يک فرايند طولاني و مداوم امکان‌پذير مي‌گردد.
فرايندي که از يک سو به اصلاح دقيق سازه‌ها و عناصر سازمان سياسي پرداخته شود و از جانب ديگر نظام سياسي طوري سامان يابد که در چوکات آن ميزان پاسخگويي سياسي افزايش يابد.
جامعه مدني و رسانه‌هاي آزاد تقويت گردد و رقابت‌هاي خصوصي بر معيارهاي قانوني شکل بگيرد و موانع نهادينه شدگي قدرت از ميان برداشته شود و مديريت دولتي توسعه و ارتقا پيدا کند.
تا زماني که قدرت سياسي نهادينه نشود و سيستم نظارتي قدرتمند شکل نگيرد و مفاهيم نوين فرهنگي و سياسي جاي مفاهيم نهادينه شده قبلي را نگيرد؛ مبارزه با فساد با هر شکل و شمايلي که صورت بگيرد، ناکام و عقيم خواهد بود.