در جامعه افغانستان دین به بخش های زیادی از رفتار ها و کنش های آدم ها معنی و مفهوم می بخشد. قدرت سیاسی، قدرت نیرو های اجتماعی، حضور کشور های خارجی در افغانستان و خیلی از موارد دیگر بدون همسویی نهاد دین در افغانستان نمی تواند کارکرد و کارایی چندانی داشته باشد. در تاریخ افغانستان زمانی که نهاد دین به قدرت سیاسی مشروعیت بخشیده است باعث تداوم قدرت سیاسی حاکمان و دولت شده است. اما زمانی که نهاد دین و عالمان این نهاد با قدرت سیاسی و نخبگان آن پشت کرده اند قدرت سیاسی و دولت به شکست مواجه شده است. در تاریخ افغانستان کمتر دیده شده است که نهاد دین توسط قدرت سیاسی سرکوب شده باشد و جدا از نهاد دین به حیات خود تداوم یافته باشد. از زمان شکل گیری افغانستان کنونی به دست احمد شاه ابدالی نهاد دین نقش برجسته در شکل گیری قدرت سیاسی، مشروعیت بخشیدن و همچنین در سقوط دولت ها نقش داشته است. احمد شاه ابدالی مشروعیت خود را از روحانی گرفت که خوشه گندم را در عمامه احمد شاه به جای تاج بسته نمود. بعد از احمد شاه روحانیون در کنار پادشاهان به مشروعیت بخشی قدرت سیاسی آنها سهیم بودند. تنها در زمان امیر عبدالرحمن خان نهاد دین با کاهش قدرت مواجه شد. امیر صلاحیت ها و قدرت که شاهان قبلی به نهاد دین داده بود را از آنها ستاند. و با داشتن ابزار های سرکوب به نهاد دین اجازه اعتراض و قدرت نمایی نیز نداد.

با وجودی که امیر عبدالرحمن خان نهاد دین را به نوعی سرکوب کرد اما دین در زمان امان الله خان دوباره به جایگاه اصلی خود برگشت و باعث سقوط دولت امانی شد. روحانیت اولین گروه بودند که در برابر قانون اساسی زمان امان الله خان ایستادگی نمودند و بعد از آن کم کم اعتراضات از جاهای مختلف افغانستان با رهبری روحانیون آغاز شد. در نهایت دولت امانی سقوط کرد و قانون اساسی که روحانیت مخالف شان بودند از بین رفتند. در زمان کمونیست ها نهاد دین بیش از هر زمان دیگر فعال تر شد. اولین حرکت ها و رفتار های ضد نظام کمونیستی از سوی نهاد دین صورت گرفت کم کم این حرکت ها و رفتارهای ضد کمونیستی به یک جنبش تبدیل شدند و باعث بسیج توده ها علیه نظام کمونیستی و نیرو های شوروی سابق شدند. ناگفته نباید گذاشت که قبل شکست نیرو های شوروی در افغانستان نیرو های بریتانیا نیز دو بار شکست خوردند و هر بار روحانیون در بسیج توده ها نقش برجسته تر از دیگر نهاد ها و گروه های اجتماعی داشته اند.

با شکست شوروی در افغانستان حکومت مجاهدین شکل گرفت. مجاهدین بیشتر تلاش داشتند که به حکومت سبقه دینی و الهی ببخشد. تلاش های زیادی نمودند که یک حکومت دینی و شرعی به وجود آورد اما به خاطر عدم حمایت کشور های همسایه و برخی کشور های منطقه از سوی طالبان شکست خوردند. ظهور طالبان در افغانستان به یک معنی حضور تفسیر و فهم جدید از دین نیز هست. طالبان با رویکرد و فهم بنیاد گرایانه از دین وارد افغانستان شدند. آنها در صدد حذف قانون وضعی و جایگزین کردن شرع به جای آن برآمدند و در نهایت موفق شدند و حکومت دینی و شرعی با فهم خاص خود از دین را پیاده نمودند. در این دوران دین و نهاد روحانیت با نهاد قدرت سیاسی یکی شدند و تمام سازوکار های قدرت سیاسی در اختیار نهاد دین قرار گرفتند. بنابراین تا این جا دین نقش برجسته در تاریخ تحولات سیاسی-اجتماعی افغانستان داشته است. به گونه ای که امکان حکومت کردن بدون مشروعیت نهاد دین در افغانستان ممکن نبوده است.

در دوران پس از طالبان اگر چه نهاد دین نقش در وضع قوانین، اجرا و داوری آن نداشته است اما حضور دین در قانون اساسی پر قدرت است. به گونه ای که در ماده سه قانون اساسی آمده است که هیچ قانون نمی تواند مخالف احکام و معتقدات دین مقدس اسلام باشد. همچنین این ماده قانون اساسی غیر قابل تعدیل شمرده شده است. بنابراین حضور دین در حکومت پسا طالبان در ساختار و به لحاظ صوری قدرتمند است. اما عملا نقش چندانی تا هنوز در مناسبات و مشروعیت نهاد ها بازی نکرده است. با وجود اینکه نهاد دین در دوره جدید ضعیف ظاهر شده است؛ اما در مواقع به عنوان نیرو های بازدارنده و مقاومت کننده در برابر برخی کنش ها و رفتار های دولت ظاهر شده است. به طور نمونه بیشترین واکنش منفی نسبت به قانون منع خشونت علیه زنان از طرف نهاد دین صورت گرفت. بیشترین فشار ها بر افراد و نهاد های مختلف دیگر از طرف روحانیون و ملا امامان مسجد وارد شدند. فشار ها و واکنش های علما و روحانیون در نهایت باعث شد که قانون منع خشونت علیه زنان تصویب نگردد. بنابراین نهاد دین تا هنوز جایگاه و مناسب سنتی خود را در جامعه افغانستان حفظ نموده است. به گونه ای که می توان گفت نهاد دین نقش برجسته در بازتولید فرهنگ سیاسی، ارزش های مردسالارانه، خشونت و ... دارد.

همان طوری که گفته شد نهاد دین نقش مهم در بازتولید خشونت و مشروعیت دادن به خشونت ها در افغانستان بوده است اما کمتر موردی پیش آمده است که نهاد دین در افغانستان خشونت را تقدیس ننموده و علیه آن حکم شرعی دهد. در دوران پسا طالبان شاید این دومین مورد باشد که شورای علمایی افغانستان از تمام طرف های درگیر خواسته که از جنگ دست کشیده و مطابق دستورات دین اسلام اختلافات شانرا از طریق مصالحه و گفتگو حل نمایند. شاید این اولین بار باشد که این شورا اعلام کرده  که کشتار زن، مرد و کودکان بی گناه در هر شرایط از نظر دین مقدس اسلام حرام و جایز نمی باشد. این واکنش شورای علما نسبت به کشتار زن، مرد و کودکان بی گناه ممکن باعث کاهش خشونت ها شود اما به خاطر فقدان یک طرح واره ای کلان و نداشتن درک وفهم منسجم از دین و عدم توانایی آن ها به پاسخ منطقی و درون دینی به گروه طالبان باعث می شود که همچنان تعدادی زیادی از مردم و توده ها نسبت به اظهارات آن ها بی تفاوت بوده و به گروه طالبان و فهم و درک آن ها از دین وفادار بماند.

شورای علما اگر چه از گروه های درگیر خواسته است تا از جنگ دست بکشد اما هیچ وقت به صورت مستقیم روبروی فهم و درک طالبان از دین قرار نگرفته است. هیچ وقت واکنش تند نسبت به اعمال و رفتار های خشونت آمیز طالبان نشان نداده است. همین مسئله باعث شده است که خیلی از مردم فکر نماید که شورای علما به خاطر همراهی کاروان پیروز گاهی اظهارات مسالمت جویانه بدهد. بنابراین دگرگونی و تحول درونی در شورای علما دیده نمی شود که این دگرگونی باعث شود که درک و فهم از دین ارائه نماید که با مقتضایات و نیازمندی های عصر کنونی ما همخوانی و سازگاری داشته باشد. بنابراین فهم توده ای از دین در افغانستان همچنان حاکم بوده و در بسی مواقع همین فهم توده ای باعث می شود که دگرگونی و تحولات در راستای دموکراسی و حقوق بشر صورت نگیرد. ممانعت از تصویب قانون منع خشونت علیه زنان و حرام دانستن کشتار زن، مرد و کودک بی گناه سازگاری و همخوانی ندارد. بنابراین شورای علما همچنان در گرداب فهم توده ای از دین گیر مانده اند.