دانشگاه به عنوان مرکز تولید علم و گسترش فرهنگ، در همه کشورها از جایگاه ویژه¬ای برخوردار می باشد. دانشگاه محل تربیت متخصصان، فرهنگیان و نخبگان علمی است. این نخبگان علمی پس از فراغت از دانشگاه سکان اداره و موتور محرکه توسعه در کشورها را به دست می گیرند و کشور را به سمت ترقی، پیشرفت و توسعه همه جانبه در کشور هدایت می کنند.
در افغانستان متأسفانه دانشگاه ها با توجه به مشکلات و چالش هایی که به آنها روبرو است؛ نتوانسته هویت خود را به عنوان یک مرکز تولید علم، دانش و معرفت در شبکه های علمی به اثبات برساند. جایگاه دانشگاه در کشور هنوز به آن درجه از اعتماد و اعتبار نرسیده است که مردم با سپردن مدیریت کشور به دست آنها احساس راحتی و اطمینان کنند.
در گذشته عقب ماندگی دانشگاه ها و بخش مهمی از مشکلات آن به سیاست های قومی، قبیله¬ای و درعین حال استبدادی حاکمانی بر می گشت که به گونه¬ای بر این کشور سلطه داشتند و اوامر خود را از راه های زور بر مردم تحمیل می کردند. اما در دوره¬ای که افغانستان وارد مرحله جدیدی از تحولات سیاسی گردید، باز هم نهادهای علمی در کشور نتوانست خود را از تار و پود مشکلات گذشته رهایی بخشیده و مسیر نوی را در راستای اهداف علمی خود بر گزینند.
امروز کارکرد دانشگاه ها بسیار ضعیف بوده و در تولید علم و گسترش فرهنگ در جامعه به معنای واقعی کلمه ناکام بوده است.
عوامل این ناکامی به چند محور خلاصه می شود:
1-             نبود کادر علمی و تخصصی در دانشگاه ها؛
در افغانستان متأسفانه اصل شایسته سالاری در همه عرصه ها تحت تأثیر مسایل و گرایش های قومی، زبانی، منطقه ای و گروهی قرار می گیرد و گرایش های دیگر بر شایسته سالاری غلبه دارد. بنابراین در تقرری ها، استخدام ها و انتصاب ها مسأله لیاقت، کاردانی و تعهد و توانمندی افراد در نظر گرفته نشده است و اشخاص بر اساس همان تعلقات خویشاوندی، خانوادگی و یا احیانا قومی و زبانی در ادارات مقرر می شوند.
اکنون تعدادی از استادان دانشگاه ها دارای مدرک لیسانس بوده و مدارک شان نیز از سی سال- چهل سال قبل است. این استادان با افکار و مطالعات کهنه و زمان گذشته شان نمی توانند، پاسخگوی نیازها و تقاضاهای دانشجویان امروزی باشند که همه روزه با حجمی از اطلاعات و معلومات جدید در عرصه های مختلف روبرو می گردند.
2- غلبه نگرش قوم سالارانه در دانشگاه ها؛ علاوه بر این که انتخاب و گزینش استاد در دانشگاه ها اغلب بر مبنای تعلقات قومی و زبانی و خانوادگی صورت می گیرد، نحوه برخورد با محصلان نیز بر همین اساس صورت می گیرد. محصلانی که به گونه¬ای با استادان شان از تبار، منطقه، گروه و نژاد مشترک می باشند، خاطر شان جمع تر از کسانی اند که وجه مشترک تباری و خانوادگی با استادان شان ندارند. در سیستم نمره دهی محصلان نارسایی های تخنیکی وجود دارد که دست استادان دانشگاه ها را در نمره دهی باز می گذارد. علاوه برآن نظارت و بازرسی در نحوه نمره دهی اساتید و روند رسیدگی به شکایات محصلان طوری است که نتیجه بررسی، خواهی نخواهی به نفع استادان تمام می شود.
3-  فساد و تبعیض در نظام آموزش عالی؛ تبعیض و فساد هردو میراث شوم بجا مانده از حکومت های قبلی است؛ اما تعمیق و گسترش فساد و نهادینه شدن آن به عنوان یک فرهنگ اداری در کشور محصول شرایط و رویکردهای خام شانزده سال قبل است. وقتی برخی شاگردان مکتب با پارتی، واسطه و رشوه خود شان را تا صنف دوازده برسانند و با نمرات عالی از مکتب فارغ شود، زمانی که بهترین و زحمت کش ترین محصلان در مقطع لیسانس و ماستری به دلایل قومی، زبانی و منطقه¬ای در امتحانات ناکام گذاشته می شوند و وقتی قانون نانوشته¬ای میان اساتید دانشگاه ها وجود داشته باشد که به جز فلان قوم و فلان قوم نباید در کدر قرار بگیرند؛ نشانگر اوج تبعیض و فساد در نهادهای تعلیمی و تحصیلی است. 
4- عدم تعادل در ساختار اداری؛ در وزارت تحصیلات عالی متأسفانه بر مبنای فساد و تبعیض حاکم، تعادل در ساختار اداری این وزارت به وجود نیامده است. اگر این تعادل به وجود نیاید، روند فساد و تبعیض در درون ساختار وزارت تحصیلات عالی همچنان ادامه می یابد.
5- فساد اخلاقي؛ مراکز اکادمیک و علمی باید نمونه¬ای تعهد و اخلاق باشد. باید در این مراکز محصلان ارزش های انسانی و اسلامی را فرا بگیرد و اصول و معیار یک انسان مفید را بیاموزند. متأسفانه چون افرادی که در این نهادها گماشته شده اند انسان های متعهد و از نخبگان علمی نیستند، محیط دانشگاه ها را با محیط کوچه و بازار و احیانا محله شان اشتباه می گیرند. پاکسازی دانشگاه ها از افراد بی ادب و بداخلاق یک ضرورت برای بالابردن سطح اعتماد و کارایی محیط دانشگاهی برای محصلان می باشد.