حکومت وحدت ملي از همان آغاز کار با ناهماهنگي ها و ناسازگاري هاي دروني همراه بود. تقسيم پنجاه- پنجاه قدرت ميان رييس جمهور و رييس اجراييه، هم بر خلاف قانون بود و هم با روند حکومتداري سالم و سازنده در تضاد قرار داشت. حکومت وحدت ملي در شرايطي قدرت را در اختيار گرفت که از يک سو مسؤليت امنيت سراسري کشور به نيروهاي داخلي سپرده شده بود و از سوي ديگر کمبود بودجه و نقدينگي در کشور جريان بازسازي را متوقف ساخته و ميزان سرمايه گذاري خارجي و داخلي را به حد اقل کاهش داده بود. از اينرو حکومت وحدت ملي همزمان به سه مشکل بزرگ و بحران آفرين مواجه بود:

1- تهديدات امنيتي: خروج نيروهاي بين المللي از افغانستان در شرايطي صورت گرفت که ارگان هاي امنيتي کشور آمادگي پذيرش مسؤليت هاي امنيتي را نداشتند، زيرا نيروهاي امنيتي افغانستان در اين مدت کمتر مورد توجه جامعه جهاني قرار گرفته بود و به لحاظ ظرفيت هاي مسلکي به سطحي نرسيده بودند که بتوانند در برابر تهديدات همه جانبه امنيتي مقابله نمايند.

2- مشکلات اقتصادي: کمبود نقدينگي و در پي آن مشکلات گسترده اقتصادي در کشور از سه عامل بسيار عمده تأثير پذيرفت. اول، خروج نيروهاي بين المللي و بسته شدن دفاتر انجوها و مؤسسات خارجي در افغانستان در عين حالي که هزاران نفر را بيکار ساختند، روي بازار و ميزان قدرت خريد مردم نيز تأثير گذاشتند.

دو، نگراني از تشديد اوضاع امنيتي و عدم اطمينان به توان و قدرت دفاعي نيروهاي امنيتي سبب شد تا تجار و سرمايه گذاران سعي کنند پول و دارايي هاي خود را به بيرون از کشور انتقال دهند.

سه، بي ثباتي سياسي يکي از عوامل مهم فرار سرمايه از کشور به حساب مي آيد. انتخابات رياست جمهوري اخير بزرگترين آزمونگاه حفظ ثبات در افغانستان به شمار مي آمد، اما مردم افغانستان معتقد بودند که اين کشور در جريان رقابت هاي سياسي و انتخاباتي ممکن است دچار بي نظمي و بي ثباتي گردد و نتواند خود را از گردنه انتخابات مؤفقانه عبور دهد. اين برداشت بر تصميم مردم به مهاجرت و خروج سرمايه از کشور بي تأثير نبود.

3- نا همسويي و ناسازگاري داخلي: همانطوري که گمان برده مي شد، انتخابات رياست جمهوري به بن بست کشيده شد. بن بست موجود، افغانستان را بر سر دو راهي جنگ و آشتي سياسي قرار داده بود که در نهايت با ميانجيگري همکاران بين المللي، به توافق سياسي ميان طرفين انجاميد.

اين توافقنامه اگرچه افغانستان را از يک بن بست سياسي نجات داد، اما آينده اين کشور را با ابهام ها و سردرگمي هاي بسياري مواجه کرد. از همان آغاز تشکيل حکومت وحدت ملي اختلافات و چانه زني ها ميان تيم هاي شريک در قدرت بر سر چگونگي تقسيم چوکي ها شروع شد و تا هنوزادامه دارد.

ناسازگاري، تداخل کاري و شکل گيري جريانات ناسالم اداري و سياسي در کشور سبب هدر رفتن توان و انرژي حکومت گرديده و روند سياستگذاري ها و برنامه ريزي ها را به تعويق انداخته است. عليرغم همه ادعاها، تضادهاي فکري و تناقض هاي رفتاري ميان حلقات گوناگون درون حکومتي کاملا مشهود و برجسته مي باشد. اظهارات اخير والي بلخ را مي توان به عنوان نمونه عيني تضادهاي دروني ياد آور شد. اين تضادها در مجموع کليه ارگان هاي حکومتي را تحت تأثير قرار داده و بر امنيت و ثبات کشور سايه انداخته است.
اين اختلافات در سطح کلان کشوري حد اقل با پيامدهاي زير همراه خواهند بود:
1- بهره برداري مخالفان سياسي و در نتيجه تشديد نا امني در کشور.
2- کاهش اقتدار سياسي و ايجاد چالش هاي دوامدار در اجراي قانون، آوردن اصلاحات و مبارزه بافساد.
3- ضايع شدن امکانات و از دست رفتن فرصت هاي موجود.
4- تشديد تضادها و تنش هاي قومي و سمتي و ايجاد فرصت براي افراد منفعت طلب و استفاده جوي سياسي.
5- کاهش اعتماد مردم به حکومت و نهادهاي دولتي.

تشديد رقابت ها و تضادهاي درون حکومتي جز اين که به چالش هاي فوق بيفزايد، نتيجه و پيامد ديگري به دنبال نخواهند داشت. از اينرو اميد مي رود که سياستمداران با درک اوضاع شکننده کشور، تدبير سياسي خود را در حل و فصل مشکلات موجود صادقانه به کار گيرند.