در حدود سال‌های ۱۹۹۳ تا ۱۹۹۴ میلادی و در جریان جنگ‌های داخلی افغانستان، زمزمه تشکیل گروهی متشکل از طلبه های دینی در مدارس تحت حمایت عربستان در پاکستان شنیده شد. این گروه نام تحریک اسلامی طلبا (جنبش اسلامی طالبان) بر خود گذاشت و با شعار «اجرای شریعت اسلامی» و مقابله با آنچه شر و فساد در افغانستان می‌خواند از مرز جنوبی به افغانستان رخنه کرد و به سرعت شهرها و ولایت‌های مختلف را درنوردید.
در میانه آن دهه، یعنی در سال ۱۹۹۵، طالبان به بزرگترین پیروزی خود تا آن زمان دست یافت و موفق شد ولایت استراتژیک هرات در مرز ایران و ترکمنستان را تسخیر کند.
یک سال بعد در ۱۹۹۶، آن‌ها موفق شدند پایتخت، کابل، را تسخیر کنند. برهان الدین ربانی، رئیس وقت دولت مجاهدین، با سقوط کابل، مقر دولتش را به مزارشریف منتقل کرد که آنجا هم اندکی بعد سقوط کرد.
یکی از اولین کارهایی که طالبان در پایتخت انجام دادند، کشتن محمد نجیب الله، آخرین رئیس جمهور رژیم تحت حمایت شوروی بود که به دفتر سازمان ملل متحد پناهنده شده بود.
تا سال ۱۹۹۸، طالبان تقریبا بر ۹۰ درصد خاک افغانستان تسلط یافته بود و نیروهای ائتلاف ضد طالبان، موسوم به ائتلاف شمال، به فرماندهی احمدشاه مسعود همچنان به مقاومت در پنجشیر و شمال شرق کشور ادامه می‌دادند.
طالبان در مناطق تحت کنترل خود، نسخه سختگیرانه‌ای از شریعت اسلامی را پیاده کرد. زنها اجازه کار و آموزش یا بیرون رفتن از خانه بدون همراهی یک عضو مرد خانواده نداشتند. مردان باید لباس محلی می پوشیدند و ریش انبوه می‌گذاشتند و موهای‌شان را کوتاه می کردند. تلویزیون، سینما، تئاتر، موسیقی و عکاسی ممنوع بود. تقویم افغانستان از هجری خورشیدی به هجری قمری تغییر کرده بود، و مجازات های خشنی مانند قطع دست و سنگسار انجام می‌شد.
در سال ۱۹۹۸ و در پی بمبگذاری شبکه القاعده در دو سفارت آمریکا در شرق آفریقا، بیل کلینتون رئیس جمهور وقت ایالات متحده دستور داد کمپ های آموزشی القاعده در ولایت خوست افغانستان هدف حمله هوایی قرار گیرد؛ حمله ای که آسیبی به اسامه بن لادن و دیگر رهبران القاعده نرساند.
در سال ۲۰۰۰، فشارهای ایالات متحده به طالبان برای تحویل دادن رهبران القاعده شدت یافت و سازمان ملل متحده این گروه را تحریم کرد.
در سپتامبر ۲۰۰۱، دو عضو گروه القاعده، متحد طالبان، احمدشاه مسعود، فرمانده ارشد ائتلاف شمال را در ولایت تخار ترور کردند؛ واقعه که به شدت باعث کاهش روحیه نیروهای مخالف طالبان شد.
در ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱، ورق به زیان طالبان برگشت. القاعده که طالبان به رهبرانش پناه داده بود و حاضر به تحویل دادن آن‌ها نبود، با هواپیماهای مسافربری ربوده شده، به اهدافی در نیویورک و واشنگتن حمله کرد و هزاران نفر را کشت.
یک ماه طول نکشید که آمریکا در راس ائتلافی از کشورهای متحدش، به طالبان حمله کرد و تا هفته اول دسامبر ۲۰۰۱، این گروه از قدرت ساقط شد.
با وجود عملیات گسترده جستجو، آمریکا و متحدانش موفق به دستگیری رهبران عمده گروه طالبان، از جمله ملا محمدعمر نشدند و آنها بر اساس گزارش ها به کویته پاکستان گریختند و از آنجا به هدایت گروه طالبان ادامه دادند.
در سال های اولیه پس از سقوط طالبان، آرامش به افغانستان بازگشت، کودکان دختر و پسر به مدرسه برگشتند، زنان اجازه کار یافتند، رسانه‌های آزاد روز به روز بیشتر شدند و همزمان تشکیل و تقویت نهادهای حکومتی و دموکراتیک هم در جریان بود؛ از جمله تصویب قانون اساسی، تشکیل ارتش، برگزاری انتخابات ریاست جمهوری و پارلمانی و انجام روند خلع سلاح گروه های غیرمسئول در کنار تشکیل و تقویت ارتش و پلیس ملی.
در طول سال‌های بعد، و بیشتر بعد از ۲۰۰۶، حملات و بمب‌گذاری های طالبان بیشتر و پیچیده‌تر شد و کمتر جایی در افغانستان از گزند این حملات در امان ماند، حتی ارگ ریاست جمهوری، وزارت خانه‌ها و مقر نیروهای ناتو در افغانستان هم هدف حمله طالبان قرار گرفت. محصلان دینی در لال مسجد اسلام آباد، ۶ اپریل ۲۰۰۷. حکومت افغانستان مدعی است که مدارس مذهبی در پاکستان محلی برای سربازگیری و آموزش بازگشت شورش طالبان به افغانستان است. کار به جایی رسید که آمریکا که می‌گفت با هدف حذف طالبان و حمایت و تقویت دموکراسی به افغانستان آمده، پذیرفت با این گروه سر میز مذاکره بنشیند و سرانجام در ۲۹ فبروری ۲۰۲۰، توافق صلح طالبان و آمریکا بر مبنای خروج نیروهای خارجی از افغانستان و رفتن به طرف مذاکرات بین الافغانی امضاء شد. شروط عمده ای که آمریکا در این توافق بر آن تاکید داشت، فاصله گرفتن طالبان از گروه های مانند داعش و القاعده و تهدید نکردن منافع آمریکا بود؛ دیگر موارد، از جمله نوع نظام افغانستان، سرنوشت ارتش و نهادهای انتخابی، قانون اساسی و حقوق و آزادی های مردم این کشور، به مذاکرات بین الافغانی موکول شد که اکنون در قطر آغاز می‌شود. منبع بی بی سی.