چند دستگی و اختلاف بین داعش و القاعده منجر به رقابتی شده است که پیشرفت یکی از این گروه‌ به ضرر دیگری تمام می‌شود. یکی از محرک‌های اصلی چنین رقابت داغ این است که از بسیاری جهات، ایدئولوژی و اهداف این دو گروه مشابه است. دولت اسلامی برای متمایز جلوه دادن خود از رقبا، از جمله القاعده، به خشونت شدیدتر رو آورد. هر دو گروه در تلاش اند تا از محیط و قلمرو مشابه افراد استخدام کنند و بر حوزه‌های مشابه تأثیر بگذارند. اختلافات اصلی در این است که داعش به دنبال ایجاد خلافت در یک جدول زمانی است که توسط القاعده قبل از وقت تلقی شده است. داعش، برای به دست آوردن این هدف، تلاش کرد تا اختلافات فرقه‌ای را دامن بزند. این که چگونه اختلافات بین این دو گروه تروریستی برطرف می‌شود، تأثیر عمده‌ای بر آینده آن ها خواهد گذاشت.
این اختلافات در سطح رهبری این گروه‌ها اتفاق افتاد، بنابراین یکی از جالب ترین سؤال‌ها این است که سربازان پیاده و فرماندهان سطح میانه این دو گروه تا چه حد به کشمکش‌های درونی و اختلافات استراتژیک گذشته اهمیت می‌دهند؟
گروهی که سرانجام داعشی شد، همیشه یکی از عناصر سرکش بوده و توسط زرقاوی تشکیل شده و توسط او رهبری شده بود، که برای حفظ استقلال گروه وابسته به خودش بسیار تلاش کرد. زرقاوی حتی پس از اعلام وفاداری اش به بن‌لادن، دستورالعمل‌های اصلی القاعده را نادیده گرفت و به امید فوران کردن شعله‌های آتش جنگ میان گروه‌های مذهبی سنی و شیعه، ابتدا در عراق و بعد، در سراسر کشورهای مسلمان نشین، اهداف تفرقه افگنانه‌ای خود را به شدت دنبال کرد. یکی از اولین اقدامات القاعده برای این که خود را به عنوان یک گروه خوب جلوه بدهد، محکوم کردن فرقه‌گرایی آشکار و تلاش برای متقاعد کردن القاعده عراق برای دست کشیدن از فرقه‌گرایی بود. الظواهری، رهبر القاعده در سال 2005 در نامه‌ای به زرقاوی، رهبر القاعده عراق، قتل عام گروه شیعیان را به شدت محکوم کرده بود و گفته بود که این کار وی تأثیر منفی بر فعالیت‌های القاعده می‌گذارد و از او خواسته است بود که از هدف قرار دادن سایر مسلمانان جلوگیری کند. الزرقاوی به توصیه‌های الظواهری بی اعتنایی کرد، و شهرت القاعده عراق را به عنوان یک سازمان خشن به نمایش گذاشت.
بنابراین، در حالی که اختلافات اولیه، بین این دو گروه در اواسط دهه 2000 در عراق عمیق‌تر شد، در سال‌های اولیه جنگ داخلی سوریه به یک کشمکش داخلی تبدیل شد. القاعده پس از سقوط، برای ایجاد مجدد خود به عنوان یکی از عوامل اصلی در "شام" که این منطقه دربرگیرنده سرزمین‌هایی از کشورهای سوریه، اردن، لبنان، فلسطین، قبرس، بخش‌هایی از جنوب ترکیه و شرق مصر است، کاملاً مؤثر عمل کرده. حضور اولیه القاعده در سوریه از طریق جبهه النصره، شاخه رسمی این شبکه در سوریه صورت گرفت. در اواسط سال 2016، النصره نام خود را به جبهه فتح‌الشام تغییر داد و بعداً با دیگر گروه‌های تروریستی پراکنده ادغام شد تا هیأت تحریر الشام را تشکیل دهد، که پس از ایجاد هیأت تحریر الشام فاصله میان این گروه و القاعده بیشتر شد.
برخی از وفاداران القاعده از تشکیل گروه جدید دیگری به نام «تنظیم حراس‌الدین» در سال 2018 خبر دادند. در حالی که هیأت تحریر الشام همچنان بر روی وقایع در سوریه متمرکز است، گروه "تنظیم حراس‌الدین" به رهبری شماری از افراد کهنه‌کار القاعده، ممکن است که به دنبال استفاده از خاک سوریه به عنوان پایگاهی برای اجرای حملات تروریستی گسترده علیه غرب باشند. موضوع مهم دیگر این است که چندین جنگ‌جوی جهادی اردنی در بین کادر رهبری "تنظیم حراس‌الدین" وجود دارد که نزدیک به زرقاوی بودند و به همین ترتیب، همبستگی تاریخی و عقیدتی با داعش دارد، که این احتمال را افزایش می‌دهد که "تنظیم حراس‌الدین" ممکن است افراد برجسته داعش را جذب کند. و آنها را به سوی القاعده سوق دهد.
القاعده اکنون در تلاش است تا خود را به عنوان "بدیل معتدل" برای دولت اسلامی‌ معرفی کند. داعش تلاش کرد تا سازمان خود را توسط خلافت و با استفاده از خشونت‌های غیرعادی، به نمایش بگذارد. در حالی که القاعده در تلاش بود تا خود را به عنوان یک سازمان دارای برنامه‌های استراتژیک و دارای چشم اندازهای جذاب‌تر برای موفقیت در آینده نشان دهد.
اگرچه تلاش مجدد این گروه توسط بسیاری از محققان ضد تروریسم نمایش دروغین تلقی می‌شود، اما ممکن است برای بازآفرینی چهره القاعده در سوریه مؤثر باشد. بنابراین، حتی با وجود ظهور داعش، که در یک مقطع، وجود القاعده را تهدید می‌کرد، اما در مراحل پایانی فرصتی برای این گروه ‌فراهم کرد. تصمیم محاسبه شده القاعده برای فاصله گرفتن از سازمان‌های وابسته خودش، تلاشی بود برای نشان دادن خود به عنوان یک نیروی مشروع، توانا و مستقل در جنگ داخلی سوریه.
آینده القاعده و داعش تا حد زیادی با رقابت بین این دو گروه مشخص خواهد شد. از آغاز سال 2014، داعش می‌تواند ادعا کند که رهبر بلامنازع جنبش جهاد جهانی بوده است. اما پس از فروپاشی خلافت این گروه، این معادله تغییر کرد، و با روند رو به کاهش فعالیت هایش ممکن است با ظهور دوباره القاعده این عنوان را از دست بدهد. نشانه‌های روشنی وجود دارد که نشان می‌دهد القاعده تاکتیک‌های خود را اصلاح کرده تا از آنچه که آن را یک فرصت بی‌نظیر می‌داند استفاده کند. در ادلب سوریه، القاعده پایگاه‌های خود را مستحکم کرده و تا اواسط سال 2017 شروع به پذیرفتن جنگجویان سابق داعش در صف خود کرد، کاری که شاید یک یا دو سال قبل غیرقابل تصور بود. رهبری القاعده درک کرده است که پاسخ آن ها به بهار عربی جنجالی بوده و اکنون اصلاحاتی را انجام می‌دهد، منابع و انرژی خود را بر نگرانی‌های در مورد سنی‌ها متمرکز کرده است، استراتیژی که به این گروه کمک کرده تا ریشه‌های خود را در سراسر شمال غربی سوریه گسترش دهد. القاعده این استراتژی را همچنین در بخش‌های از یمن، جایی که تحت سازمان‌های مختلف از جمله شاخه‌های أنصار الشريعة (ليبيا) و سایر گروه‌های سلفی فعالیت می‌کند، با موفقیت به کار گرفته است.
رویکرد متعادل تر و قابل پیش بینی تر القاعده در مورد حکومت، در جهت جلب حمایت مردمی ‌از جمعیت غیرنظامی ‌است. زندگی تحت حاکمیت داعش بسیار مشکل بود، حتی با تفسیرهای مذهبی شدید افراد وفادار خودش را تنبه می‌کرد، و مجازات‌ برای کسانی که سریع و کاملاً مطیع نبودند، اعمال می‌شد. القاعده نسبت به گروه داعش، سختگیرانه عمل نمی‌کرد. ختم سال 2018 سالگرد 30 سالگی القاعده بود، و مشخص است که این گروه با گذشت زمان تکامل یافته، سازگار شده و یاد گرفته است. این تغییر که القاعده را به یک سازمان با معتدل‌تر تبدیل کرد، بخشی از نتیجه رهبری ظواهری بود. با توجه به همه انتقاداتی که وی به دلیل کاریزما نبودنش متحمل می‌شد، نقدی که اکثر دانشمندان جهادی آن را غیرقابل قبول می‌دانست، ظواهری به القاعده کمک کرد تا استمرار یابد و ریشه‌های آن از بین نرود.
شاید جالب ترین تغییر رفتار القاعده از زمان مرگ بن‌لادن این باشد که این گروه دیگر وسواس حمله به غرب را ندارد. در واقع، به گفته بروس‌هافمن، ظواهری در سال 2015، به محمد الجولانی یکی از رهبران نظامی فعال در جنگ داخلی سوریه که از سال ۲۰۱۲ تا ۲۰۱۷ رهبری جبهه نصرت شاخه القاعده در سوریه را بر عهده داشت، دستورات سختگیرانه‌ای را داده است که از سوریه به عنوان یک پایگاه، برای حمله به غرب استفاده نکند. دلایل احتمالی متعددی برای این تصمیم وجود دارد، از جمله اینکه زیرساخت‌های القاعده در اروپا تقریباً به اندازه داعش ‌قوی نبوده و بنابراین، هر حمله‌ای احتمالاً در مقایسه با آنچه که داعش قبلاً به دست آورده بود کمرنگ جلوه می‌کند.
یکی دیگر از احتمالات این است که ظواهری صرفاً "بازی طولانی" را انجام می‌دهد و به طور استراتژیک گروه‌های خراسان خود را همزمان با ضعف داعش مخفی می‌کند. ممکن است با ادامه اختلافات گروه‌ها در سوریه و ظهور "تنظيم حراس الدین" گروه انشعابی القاعده در سوریه، در حال تغییر باشد. حداقل از نظر توانایی، تشخیص ساختار سازمانی یک گروه می‌تواند سرنخ‌هایی را در مورد توانایی آن‌ها در انجام حملات خارجی فراهم کند. آیا گروه‌ها برای انجام حملات خارجی ساختار غیرمتمرکز تری را اتخاذ می‌کنند، یا اینکه حملات خارج از قلمرو اصلی گروه، محصول ثانوی یک ساختار مسطح است؟ کسانی که تلاش می‌کنند فعالیت‌ها و عملکرد گروه‌های جهادی را تجزیه و تحلیل کنند، ممکن است ساختارهای زیادی را برای آن ها تعیین می‌کنند. القاعده و داعش، علاوه بر گروه‌های تحت فرمان و وابستگان شان، در واقع ممکن است بسیار کمتر از آنچه که دانشمندان و تحلیلگران معتقدند، یکپارچه باشند.